拿破仑·波拿巴（法语：Napoléon Bonaparte；1769年8月15日—1821年5月5日），法国著名军事家、政治家和改革家，曾任共和国第一执政与帝国皇帝。拿破仑是世界历史上的重要人物，以其军事生涯中的大量胜利与作战指挥著称，被视为是历史上最伟大的军事家之一。他的大量政治与文化遗产至今仍影响世界，他掌权的年代被后世称为“拿破仑时代”。
拿破仑出生于法国科西嘉岛的小贵族家庭，在1793年的土伦围城战中崭露头角。1796年拿破仑被任命为“意大利军团”司令，在两年的战争中横扫北意大利，迫使反法同盟签署和约。他后来率军远征埃及并携带大量科考人员，为埃及学做出突出影响。1799年他返回法国发动雾月政变成为第一执政，翻越阿尔卑斯山在马伦戈战役中击败反法同盟。
1804年拿破仑加冕为法兰西人的皇帝，并晋升18位有功将军为“帝国元帅”。第三次反法同盟战争爆发后，他在乌尔姆战役中指挥大军团歼灭奥军部队，并在奥斯特利茨战役中击败俄奥联军。1806年普鲁士为首的第四次反法同盟对法国宣战，拿破仑迅速在耶拿-奥尔施泰特战役打垮普军，在11天后攻下柏林。1807年6月14日，拿破仑在弗里德兰战胜俄国，成为欧陆唯一的霸权。
1808年，拿破仑为扩大“大陆体系”，入侵西班牙并立其兄为王。1809年，拿破仑在瓦格拉姆之战再次击败反法同盟对法国霸权的挑战。1812年，拿破仑发动对俄罗斯的作战，然而其精锐的“大军团”受限于俄军的焦土战略与缺乏补给，在远征中损失惨重。不久第六次反法同盟发动反攻，拿破仑即使多次击败敌军，但最终不敌宣布退位。1815年，逃离厄尔巴岛的拿破仑再次即位，但在滑铁卢战役中失败，被流放至圣赫勒拿岛。
拿破仑对现代社会产生极大影响，法国大革命的思潮伴随着他的军事征服传遍欧洲，使得理性主义与宪政精神成为了日后政治体系的基石。他颁布的一系列改革政策，使其被后世普遍认为是欧洲封建体系的撼动者，资本主义的传播者。自由主义、民族主义、世俗主义、民法典与公制在拿破仑时代后逐步成为世界的通用标准与普世价值。
早年
家庭背景
拿破仑·迪·波拿巴（Napoleone di Buonaparte）于1769年8月15日出生在法国科西嘉岛阿雅克肖的波拿巴宅里，为卡洛·波拿巴与莱蒂西亚·拉莫利诺之子。波拿巴家族原为佛罗伦萨与里窝那之间的领主，1261年，一位名叫威廉的佛罗伦萨人采用了姓氏波拿巴。1529年，弗朗切斯科·波拿巴移居科西嘉，其后代在接下来的两个半世纪都在由六人构成的阿雅克肖元老院中就职。拿破仑出生时，波拿巴家族的地位大致处于中产上层与小贵族之间。
拿破仑之父卡洛是一位知名的前科西嘉独立分子，早年前往罗马与比萨攻读法学，回家乡后从事律师行业。他身材高大、相貌俊朗、法语流利、博览群书，但不善理财。卡洛在拿破仑出生的前一年，响应科西嘉独立运动家帕斯夸莱·保利的号召，担任他的私人秘书兼副官。但当法军消灭了独立分子后，卡洛并未如同其他坚定的独立分子一样流亡海外，而是宣示效忠法国，保住了他在岛上的职务——阿雅克肖法院陪审推事与科西嘉岛林业学校校长，并被审定为法国贵族，更在1777年成为科西嘉贵族代表。拿破仑之母莱蒂西亚出身于佛罗伦萨的名门，父亲曾是阿雅克肖的代理行政官，但她并未受过教育。她样貌迷人、坚定刚毅、足智多谋。拿破仑日后评价，“我的母亲是个出色的女人，既能干又勇敢”。
两位出身良好的青年于1764年6月2日成婚，女方的嫁妆包括“一间窑炉及其附近的一座房子、一套寓所、一片葡萄园与8英亩土地，价值总计175,000法郎”。这对新婚夫妇的生活遇到了不小挫折，他们婚后的头两个孩子都夭折了。但在第三个孩子，此时名为朱塞佩（Giuseppe）的约瑟夫·波拿巴于1768年出生后，莱蒂西亚又陆续生了10个孩子，其中有7个没有在婴儿期夭折。
求学
拿破仑在小时候就迷上了历史与传记，从不参加同龄小孩的娱乐活动，并会模仿历史上的罗马人。1779年1月，拿破仑被家人送到勃艮第欧坦的教会神学院接受严格的法语教学，聪明好学的他在三个月内就学会了法语读写。1779年4月，在父亲好友科西嘉总督马尔伯夫伯爵的帮助下，拿破仑获得王室奖学金，得以前往香槟地区的布列讷堡军官幼校学习。他每天学习八小时，课程包含数学、拉丁文、历史、法语、德语、地理、物理、工程学、武器学、击剑、舞蹈与音乐。他最出色的科目是数学，最差的则是德语。拿破仑在求学期间不断查阅古代领袖的书籍，将亚历山大大帝与尤利乌斯·凯撒视为偶像。他透过课堂学习到查理曼与路易十四治下的法国伟大时代，并被灌输深刻的仇英教育。1784年，拿破仑因优异的成绩保送至巴黎军官学校。他在该学校修习炮兵科目，并在一年中完成三年的教育，于1785年9月在主考官皮埃尔-西蒙·拉普拉斯的见证下通过任官考试，成为炮兵少尉。
军事生涯初期
拿破仑通过考试后，前往驻扎于瓦朗斯的拉费尔炮兵团服役。这项工作很艰苦，但薪水很微薄，不过他在此时开始掌握作战的知识。他醉心于阅读，给很多书做了详细笔记，背诵法国诗人的诗作，甚至将饭钱用于购书。这段时期，拿破仑作为业余作家写了数十篇文章，并遇见他的初恋卡罗利娜·科隆比雅，即使在晚年时，他仍会回忆起与她的几次散步。1786年9月，拿破仑返回阔别八年的科西嘉。1788年5月下旬，拿破仑待在法国东部的欧索讷炮兵学校，在学期间写了一系列的阅读笔记与浪漫小说。1789年7月14日，巴黎起义者攻破巴士底狱，法国大革命爆发。拿破仑对新生的大革命不感兴趣，直到他发现国民议会的代表们能为科西嘉寻求独立。他还组建了一支反对法国王室统治的国民自卫军，此举以一名法军少尉来说非常大胆。1791年6月，在科西嘉休假的拿破仑返回法国，被调派至第四炮兵团。他之前在拉费尔炮兵团服役了69个月就请了35个月的假，到了新环境依然未改作风，立刻向上司请假。1791年8月30日，上司迪泰伊将军终于准假，拿破仑再次返回科西嘉。此时岛上的矛盾越发剧烈，拿破仑在岛上率领的国民自卫军还在1792年的复活节与民众与正规军发生冲突，拿破仑只得奉保利之命前往巴黎。1792年10月中旬，返回科西嘉的拿破仑愈发亲法，主要原因为独立领袖帕斯夸莱·保利与波拿巴家族越来越深的矛盾。到了1793年，他已将法国认同置于科西嘉认同前。
1793年1月21日路易十六被斩首，同年2月拿破仑第一次接到重要战斗任务，担任科西嘉国民自卫军的炮兵指挥官，这支乌合之众的步兵部队迅速被击败，但拿破仑对此并无责任。6月11日，失势的波拿巴家族被亲英的保利赶出科西嘉，拿破仑挥别故乡。拿破将家人安置好后就到法国陆军报道，受命护送火药补给至意大利军团。7月中旬，拿破仑转入南方军团，写下支持雅各宾派的政治小册子《博凯尔晚餐》，使雅各宾党将其视为可信的军人。9月7日，拿破仑就任第二炮兵团少校。
土伦围城战
1793年8月27日，盘据在土伦的保王党人将土伦要塞与法国地中海舰队转交给反法同盟，1.7万联军部队迅速控制该城。9月初，革命法军开始进攻土伦，在短时间内完成对土伦的包围，但形势并没有发生根本变化，联军依然控制着重要据点，并且增援部队陆续抵达，法军收复土伦的前景十分渺茫。
拿破仑此时前往拜访围攻土伦的法军司令部，恰巧围攻部队右翼缺少一位炮兵指挥官，拿破仑的老朋友萨利切蒂推举他担任此职务。9月中旬，拿破仑抵达土伦前线，发现围攻部队既无足够的火炮（仅有几门野炮与臼炮）与弹药、也无会使用火炮的士兵。他在短时间内就搜集到上百门火炮与弹药，并征用了工厂制作军火与修理军备。拿破仑在战斗期间愈发鄙视围城总指挥卡尔托，他向上级拉扎尔·卡诺提出他的作战计划，并要求替换卡尔托。卡诺十分欣赏他的计划，但已经派遣弗朗索瓦·多佩将军去就任总指挥。11月15日，法军向重要据点马尔格雷夫要塞进攻，拿破仑率领的冲锋队伍直攻要塞的入口处，但此时多佩却吹号收兵，怒不可遏的拿破仑在事后当众臭骂多佩。能干的雅克·迪戈米耶将军于11月17日接过多佩的指挥权，11月中旬，拿破仑包围马尔格雷夫要塞，并俘获率军出击的查尔斯·奥哈拉。
12月17日，迪戈米耶着手执行拿破仑的计划。拿破仑与让-巴蒂斯特·米龙（英语：Jean-Baptiste Muiron）上尉的部队向马尔格雷夫要塞进攻，几小时后，安德烈·马塞纳的部队向阿尔蒂格要塞进攻。拿破仑在控制所有要塞炮台后下令向港口内的联军舰队轰击，次日，联军撤出土伦。12月22日，24岁的拿破仑晋升为旅级将军（相当于其他国家的准将），并开始引起国家高层的注意。
葡月政变
1794年2月7日，拿破仑被任命为意大利军团炮兵司令，并参与几场小规模的胜利。他在这段时期结识了雅各宾领袖马克西米连·罗珀斯庇尔的弟弟奥古斯坦·罗珀斯庇尔，在热月政变后因与小罗珀斯庇尔的友谊而深陷牢笼，但最终因证据不足被释放。1795年3月3日，拿破仑与15艘船、16,900名士兵组成的远征军从马赛启航，试图从保利与英军手中夺回科西嘉岛，但这支远征军在海上就遭到英军舰队的阻击，未能抵达科西嘉岛。1795年4月，他与其长期追求的昂蒂布姑娘德茜蕾·克拉里订婚。远征结束后拿破仑收到调职通知，他将前往旺代，负责镇压保王党农民的叛乱，他对此兴趣阑珊，于是前往巴黎寻求更好的职位。几个月后，他终于找到一份在公共委员会测绘局（总参谋部）的工作，他在这段时期学习到大量战略方面的知识。拿破仑利用充足的下班时间撰写了浪漫小说《克列松与欧仁尼》，以告别自己对德茜蕾的恋情。
1795年8月22日，法国国民议会通过新宪法，规定建立两院制立法机关与五人制行政机关督政府，此变革时期的不稳定使反政府份子有机可乘。10月4日（葡月12日）上午，巴黎有七个区宣布起义并动员其国民卫队。同日，巴黎内防司令保罗·巴拉斯任命拿破仑为副司令。拿破仑因被赋予重任振奋不已，在通往协和广场的重要地点设置加农炮，向起义者们发射葡萄弹，成功镇压叛乱。一夜之间，拿破仑直上青云，继任巴拉斯的职位成为内防军司令，领有4.8万法郎的年薪，并开始频繁出入上流场所。1796年3月2日，他更是得到他梦寐以求的意大利军团司令职位。同月9日，他与相识半年的寡妇约瑟芬·德·博阿尔内成婚。这对夫妇为了缩小女方年长男方6岁的年龄差，拿破仑说自己于1768年出生，32岁的约瑟芬则说自己仅有28岁。
意大利战役
1796年3月11日，新婚三天的拿破仑乘坐马车离开巴黎，于3月27日抵达尼斯的意大利军团司令部，此时他已将自己的姓“Buonaparte”改为法语拼写的“Bonaparte”。当拿破仑抵达时，这支军团在装备与补给方面都极其匮乏，但这种情况在他手中却成了发起有利进攻的手段。4月9日，军团糟糕的训练与后勤已被拿破仑大致解决。他参考在测绘局工作时构想的入侵皮埃蒙特计划，和马耶布瓦侯爵（法语：Jean-Baptiste Desmarets de Maillebois）在奥地利王位继承战争中的皮埃蒙特战役，制定了集中兵力先击败撒丁，后对付奥地利的计划。他将4.1万人的野战部队分为三个部分：马塞纳将军1.9万人的前卫部队、奥热罗将军1.2万人的中央部队、塞律里埃将军1万人的左侧卫。反法联军在该地区的部队则为5.7万人，其中包含由让-皮埃尔·德·博利厄指挥的3.2万奥军，与米开朗基罗·科利指挥的2万萨丁军与5千奥军。拿破仑计划集中兵力以掩盖法军兵力劣势的不利，选择卡迪博纳山口突⼊北意⼤利，切断奥军与萨丁军的联系。4⽉9⽇，拿破仑的部队越过卡迪博纳⼭⼝。但此时形势突然转变，热那亚共和国向联军求援，使联军误认为法军的进攻目标是热那亚，立即调动兵力向法军进发。拿破仑决定将计就计，设下圈套等待联军抵达。
蒙特诺特与洛迪战役
4月10日，博利厄立刻率部通过博凯塔山口前往沃尔特里，接着下令欧仁-纪尧姆·阿让托率主力进攻蒙特诺特。阿让托执行命令南下，冲进安德烈·马塞纳设在萨沃纳与蒙特诺特之间的前哨，对内吉诺山的法军进攻，但多次出击皆未能成功。4月11日，拿破仑决定包围阿让托的部队，阿梅代·拉阿尔普的部队将与奥军正面交战，安德烈·马塞纳的部队则趁夜经山下迂回，在12日破晓攻击奥军侧翼。阿让托6,000人的部队在短暂的战斗后全线崩溃，仅剩下700人还在掌控中。拿破仑已成功分开博利厄与寇利的部队，他决定先对付寇利的部队，下令马塞纳进军代戈挡住博利厄。4月13日，拿破仑转向西面对抗寇利的部队，在米莱西莫袭击敌军迫使其撤退至切瓦。他在战斗结束后调兵回头，于4月14日下午在代戈前后夹击包围奥军，俘虏超过2,600人。博利厄的部队已失去战斗能力，开战初2.8万人的部队仅剩1.6万人。4月21日，让·塞律里埃的纵队在蒙多维之战正面突破寇利剩余的部队，撒丁签订《凯拉斯科停战协定》退出战争。
撒丁王国的崩溃使北意大利的反法同盟部队陷入劣势，拿破仑开始准备渡过波河，向伦巴第平原地区的奥军进攻。他故意在停战协定中提及法军有在瓦伦扎渡河的权力，并调派部队至该地附近，使博利厄率领的奥军认为法军将在该处渡河。5月7日，法军开始经皮亚琴察渡过波河，安东·利普陶伊的部队很快就注意到法军的动作，双方在丰比奥发生交战，奥军在增援抵达后仍不敌，法军全军渡过波河。博利厄因法军威胁到奥军的左翼和其与曼托瓦的联系，被迫放弃米兰公国，在洛迪大桥留下12,600人的后卫部队后，渡过阿达河向东退往克雷马。5月10日，法军追上正在经洛迪渡河的奥军部队，一鼓作气攻下了洛迪，奥军在阿达河西岸的防御失守。当天下午，争夺洛迪桥的战斗开始。这座狭长的木桥长约150米，为渡过阿达河的重要道路。拿破仑集中火炮压制奥军炮兵，站到桥头附近下令突击队员冲过洛迪桥，在第一次冲锋失败后，安德烈·马塞纳将军亲率部队冲锋，成功肃清东岸的敌军部队。洛迪之战令法军伤亡350人，而奥军则为335人伤亡与1,700人被俘。洛迪之战被视为是拿破仑人生的转折点，他在日后回忆中说到：“我曾经以为自己只是个将军，但从那之后……我的凌云壮志此时显现。”
拿破仑在战斗结束后开始巩固对米兰公国的控制，派遣奥热罗将军继续尾随奥军，而马塞纳将军与塞律里埃将军则沿阿达河两岸对皮齐盖托内实施包围。皮齐盖托内投降后，法军部队径直前往米兰，米兰城于5月15日投降。同时，博利厄率领的奥军已撤退过明乔河河畔，等待从蒂罗尔前来的援军，此时该区域的奥军约有接近3万人。5月30日，拿破仑率军经博尔盖托大桥强行渡过明乔河，奥军被击退后撤往阿迪杰河谷。6月3日，法军已完全包围了北意大利最重要的要塞曼托瓦。
四战曼托瓦
维尔姆泽的两次攻势
拿破仑在稳住周遭国家局势、调动部队与火炮后，于7月15日开始对1.3万奥军驻守的曼托瓦要塞发动进攻。此时拿破仑帐下一共有4.4万人，分别为安德烈·马塞纳的1.6万人、皮埃尔·奥热罗的6千人、皮埃尔·索雷的5千人、德皮努瓦的5千人与骑兵预备队组成，共3.3万人的监视部队，以及让·塞律里埃率领的1.1万名围城部队。同时，奥地利司令让-皮埃尔·德·博利厄被撤职，由经验丰富的陆军元帅达戈贝尔·西格蒙德·冯·维尔姆泽接管指挥。维尔姆泽的部队总共约5万人，从蒂罗尔兵分两路向法军进攻，其中维尔姆泽3.2万人的主要部队沿阿迪杰河谷推进，而阔斯达诺维奇1.8万人的次要部队则经加尔达湖西岸向利瓦与萨洛进攻。行军过程中，维尔姆泽又从主力部队中抽出部队前往布伦塔河谷，使其主力减少至2.5万人。7月29日，维尔姆泽的主要部队在短暂的接敌后成功击退法军，继续向曼托瓦推进。7月30日，拿破仑放弃围攻曼托瓦，集结部队向阔斯达诺维奇的次要部队进攻。他在8月3日至4日多次派出部队打击奥军，在切断奥军退路后迫使3,000名士兵投降。8月5日，拿破仑率主力向索尔费里诺推进，遭遇到维尔姆泽率领的部队，此时双方兵力对比为3万人：2.5万人，拿破仑拥有兵力优势。维尔姆泽在卡斯蒂廖内战役中在被重创前撤离，并于6日因被马塞纳在加尔达渔村击败，匆忙撤回特伦托。
8月底，遭到重创的维尔姆泽军团补充完毕，兵力达到4.5万人。奥军再次兵分两路，保罗·达维多维奇2万人的部队留守特伦托，维尔姆泽亲率2.6万人经布伦塔河谷南下向巴萨诺进军。拿破仑知晓奥军计划后，留下围城军与在阿迪杰河下游的部分部队，亲率马塞纳将军（1.3万人）与奥热罗将军（9千人）经阿迪杰河谷向特伦托进攻，同时派遣沃布瓦将军（1.1万人）经加尔达湖西岸迂回该地奥军右翼。9月4日，马塞纳的部队在罗韦雷托战役中击败达维多维奇的奥军部队，奥军撤退向北撤退至拉维斯，此战令法军伤亡750人，奥军则伤亡3,000人。之后，拿破仑命令沃布瓦继续向北追击，马塞纳与奥热罗的部队则向东进入布伦塔河谷，从后面进攻正向曼托瓦进军的维尔姆泽部队。9月7日，法军部队在强行军两天后，与奥军后卫相遇，俘虏超过1,500人。隔天，马塞纳与奥热罗的部队从两翼夹击巴萨诺的奥军，奥军在混乱中撤退并有5,000人被俘。维尔姆泽只能率残兵向其曾试图解围的曼托瓦前进，突破法军封锁线后，于9月15日逃入其中，令城内的兵力增加至近3万人。
阿尔文齐的两次攻势
10月下旬，奥军司令部选择陆军元帅约瑟夫·阿尔文齐指挥第三次解围行动，其在弗留利地区共有2.8万名野战部队，连同保罗·达维多维奇在蒂罗尔地区的2万名野战部队，奥军总数接近5万人。阿尔文齐计划其主力部队将向巴萨诺发起进攻，而达维多维奇则向特伦托进攻。此时排除掉9千人的围城部队，拿破仑的野战部队约3万人，他在不知道奥军兵力情况下，派遣沃布瓦师1万人沿阿迪杰河谷前去把守特伦托，马塞纳师1万人在布伦塔河谷把守巴萨诺，奥热罗师1万人则作为预备队驻扎在中下游。11月2日，达维多维奇以优势兵力逼迫沃布瓦的部队撤退至卡利亚诺。阿尔文齐的部队也在此时迫使马塞纳撤出巴萨诺。11月6日，拿破仑下令1.6万法军对阿尔文齐在巴萨诺的阵地进攻，法军在进攻失利后撤退并放弃布伦塔河，以收缩防御抵御敌军优势兵力。同时，西边的沃布瓦在卡利亚诺战役再次被达维多维奇击败，于11月7日向里沃利撤退。11月12日，拿破仑在卡尔迪耶罗再次对奥军进攻，却因气候原因失利。拿破仑此时深陷危机，法军对西边的达维多维奇、要塞的维尔姆泽与东边的阿尔文齐都居于劣势，任何失败都可能意味着法军的毁灭。拿破仑于11月14日在维罗纳留下3,000人后，集中马塞纳与奥热罗的1.7万人向东迂回阿尔文齐的侧后方。法军部队经龙科渡过阿迪杰河进入阿迪杰与阿波内河之间的三角洲，马塞纳负责抵挡从左翼进攻的奥军，奥热罗则集中兵力试图经阿科莱渡过阿波内河切断奥军的后方。15日，亲临一线的拿破仑率军冲上阿科莱桥，但未能控制桥梁。拿破仑顾虑到正面久攻不下，派遣3,000人向南至阿尔巴雷多渡河迂回奥军的左翼，但此时他收到沃布瓦求援的信号，迫使其下令主力撤出三角洲。16日，阿尔文齐率主力前来占领三角洲，但被重启攻势的拿破仑逐出。法军再一次对阿科莱与阿尔巴雷多进攻，却久攻不下。16日晚，法军工兵在阿科莱与阿尔巴雷多之间搭起浮桥，奥热罗部队的6,000人在隔天经渡桥过河。渡河后的法军推进至阿科莱前与奥军交战，马塞纳的部队也推进至对岸的阿科莱桥，阿科莱的奥军在两侧法军的猛攻下向东北撤退。拿破仑在胜利后迅速回援西边的沃布瓦，将达维多维奇逼回北边。
1797年1月，奥军元帅约瑟夫·阿尔文齐再次组织解围行动，其兵力被分成三股进攻力量，其亲率2.8万人的主力部队从特伦托经阿迪杰河谷向南推进，乔瓦尼·普罗韦拉9,000人的部队与亚当·巴亚利奇6,000人的部队则从帕多瓦向西前往阿迪杰河下游。法军3.4万人的野战部队则因情报不明，被迫分散部署于各区域。1月9日，普罗韦拉的先头部队击败皮埃尔·奥热罗的前卫部队，攻占下游的重要渡口洛尼戈，试图与被困的奥军会合。巴亚利奇则对维罗纳发动进攻，占领附近的卡尔迪耶罗并继续向圣米凯推进，但随后被安德烈·马塞纳的部队击退。阿尔文齐的主力部队也向南推进，但在12日被巴泰勒米·儒贝尔的部队击退。阿尔文齐在隔日重新进攻，将儒贝尔的部队逼至里沃利台地，儒贝尔通知拿破仑其面对着敌军主力。拿破仑调派马塞纳与雷伊共1万人前往支援儒贝尔，并亲自接管儒贝尔部队的指挥。1月14日，阿尔文齐将部队分为几个支队，其亲率的1.2万人从台地北侧进攻法军正面，阔斯达诺维奇与武卡索维奇的1.1万人将沿河谷向法军侧面的隘口前进，而吕西尼昂的5千人则迂回至台地南侧。拿破仑抵达前线后开始调度，将8,000人移至北侧的正面，1,000人调派至隘口防守，剩余的1,000名步兵与200名骑兵则作为预备队。上午四点法军展开了对奥军的突袭，突破了奥军的进攻，但因兵力不足再次收缩。上午十点马塞纳的部队已抵达里沃利，拿破仑下令各部队反击，将奥军重新逐回。奥军派出的其余部队此时完成了迂回，法军陷入了“最危难的时刻”。拿破仑表现沉着、镇定，调派部队先击溃隘口的部队，与此同时，法军的右翼部队也将奥军中央部队赶到山脚下，俘虏超过1,000人。仅剩的吕西尼昂部队，在左、中两军崩溃的情况下被法军歼灭。15日阿尔文齐集结败兵，试图再次发动反击，却再次被法军击溃。奥军在两天的战役中共损失1.4万人，其中有多达1.2万人被俘。
与此同时，东侧的普罗韦拉的部队向曼托瓦进军，马塞纳与维克托的部队在1月16日抵达勒菲弗瑞，与围城的法军三面夹击普罗韦拉的部队，迫使其七千人全数投降。拿破仑在五天的战役中摧毁了整支奥军野战部队，后者4.8万人的部队仅剩下1.3万名士兵仍在列。2月2日，突围无望的维尔姆泽率1.6万人向拿破仑投降，长达半年的曼托瓦围城战结束。
进军维也纳
2月3日拿破仑展开了对教皇国的惩戒行动。维克托的部队在法恩扎战役击溃了教皇军，继续向教皇国境内推进。2月19日双方签订《托伦蒂诺条约》，教皇将博洛尼亚、费拉拉等地割让予法国，拿破仑在亚得里亚海获得立足点。战局开启前夕，拿破仑的军团人数在得到增援后达到近8万名士兵，其中包括拿破仑指挥的主力军团4.4万人、儒贝尔在蒂罗尔2万人、位于教皇国与伦巴第1.5万人的卫戍部队。3月10日法军各师从驻地出发，拿破仑率领3.5万人分两路开赴塔利亚门托河附近的瓦尔瓦索内，在逼退奥军后于16日在该地会合。马塞纳于同日出发追击吕西尼昂的部队，于14日在隆加罗内俘虏包含吕西尼昂在内的500人，并在目标完成后靠近主力部队。3月16日下午拿破仑率部渡过塔利亚门托河，在瓦尔瓦索内之战中击退新上任的奥军司令卡尔大公。战败的奥军将部队分为两部向莱比赫与塔尔维斯撤退，但由于马塞纳于21日占领并稳固控制塔尔维斯山口，往塔尔维斯撤退的奥军遭到歼灭。得胜的马塞纳继续担任法军的进攻箭头，在接下来的进军中如入无人之境，于4月7日占领莱奥本。4月18日神圣罗马帝国皇帝弗朗茨二世的代表与拿破仑签订《莱奥本临时和约》，该条约与随后的《坎波福尔米奥条约》结束了第一次反法同盟战争，使法国获得奥属尼德兰、莱茵河左岸的德意志领土与整个意大利北部，持续千年的威尼斯共和国也遭法奥两国肢解。拿破仑在时长一年的意大利战役中取得惊人的成就，法军以伤亡4.5万人的代价俘虏16万反法同盟联军士兵，并征服整个北意大利。他也因此名利双收，开始主导事后与奥地利的诸多谈判，介入1797年9月4日的果月政变，并因掠夺的大量财富与艺术品成为富翁。
远征埃及
拿破仑在意大利战役后成为法国军政界的核心人物，并被任命为“英格兰军团”司令。1797年12月25日，他当选其梦寐以求的法兰西学术院院士。拿破仑考量到登陆英国的可能性后，在1798年2月23日向督政府提出报告，认为以目前情况不可能成功登陆英国，并提出三种替代方案，最终督政府选择远征埃及，威吓英国与印度的贸易。同年3月5日督政府全权委托拿破仑筹划并指挥埃及远征，这场远征无论如何都有利于督政们，如果取得辉煌胜利，民众将更支持政府；如果大败而归，拿破仑将名声扫地。至于拿破仑，他对能够征服埃及和恢复法国在印度的霸权感到十分欣喜。拿破仑在准备两个半月后，将共3.8万人和171门火炮的“东方军团”分成14个步兵半旅与7个骑兵团，其中步兵被规划为五个步兵师，由让-巴蒂斯特·克勒贝尔、路易·德赛、路易·安德烈·邦、雅克-弗朗索瓦·梅努与让·雷尼耶指挥，骑兵师则由托马-亚历山大·仲马统一指挥，德加利耶海军上将的地中海中队负责运送这些部队。拿破仑还在军队中安置了167名学者，并带了125本供自己阅读的书籍。
东方军团于1798年5月19日离开土伦启程，补给船队在沿途中与舰队会合。6月9日法军舰队抵达医院骑士团的总部马耳他岛，医院骑士团大团长同意让法军获得补给与淡水，但限制法军入港的船只数量。拿破仑因此在隔天向骑士团发动进攻，并在占领全岛后在当地建立了共和体制。法军舰队随后继续前行，一路上都幸运地未与英国海军上将纳尔逊的舰队接触。7月1日上午，法军抵达亚历山大里亚。隔天上午3点，三支法军纵队向亚历山大里亚推进，在夜晚时攻占该城。7月6日法军推进至达曼胡尔，在当地休息后于7月10日抵达尼罗河上的拉赫曼尼亚。7月11日，迪加师（接替受伤的克勒贝尔将军）与河流船队沿尼罗河从罗塞塔抵达拉赫曼尼亚。7月13日，法军向南方的舒卜拉希特进攻，拿破仑将五个师都组成步兵方阵，轻松击败当面的马穆鲁克部队，但也对敌军的骑兵印象深刻。法军在战后继续沿着尼罗河西岸向开罗进军，在恩巴贝村附近遭遇到严阵以待的马穆鲁克主力，包括部署在西岸，由穆拉德贝伊率领的6千马穆鲁克骑兵、2万埃及步兵与其后方的1.4万阿拉伯骑兵，与部署在东岸，由易卜拉欣贝伊率领的6千马穆鲁克骑兵与1.4万埃及步兵。7月21日金字塔战役爆发，位于西岸的法军组成五个空心方阵，穆拉德贝伊下令马穆鲁克骑兵进攻法军右翼的德赛方阵与雷尼耶方阵，在承受惨重伤亡后撤退。与此同时，法军左翼的路易·安德烈·邦方阵与维阿尔勒方阵转为进攻纵队突入恩巴贝村，并将当地2千守军歼灭或赶入河中。7月22日，法军进入埃及首都开罗。穆拉德贝伊在德赛的追击下撤往上埃及，易卜拉欣贝伊则撤往叙利亚。然而随着英国皇家海军在尼罗河河口重创法国海军后，东方远征军与本土的联系中断，埃及地区的法军形势开始恶化。1798年12月，法军得知奥斯曼帝国将经叙利亚与地中海向埃及进攻。拿破仑决定先下手为强，迅速召集13,000人的部队，在1799年2月5日离开埃及。
拿破仑本人精通数学和天文学，同时还十分热爱文学与宗教，受启蒙运动的影响十分大。这次在拿破仑的远征军中，除了2,000门大炮外，还带了167名包括数学家、化学家、自然学家与测绘学家在内各种学问的学者以及成百箱的书籍和研究设备，他们的埃及学研究成果在1809年出版，是为《埃及记述》。在远征中拿破仑曾下达过一条著名的指令：“让驴子和学者走在队伍中间。”在远征埃及时，除发现罗塞塔石碑外，法军探险队深入金字塔内，拿出泥板楔形文字研究，开启日后考古学对埃及古文明研究起源，文化意义贡献重大。
8月拿破仑知晓了欧洲局势。俄罗斯沙皇保罗一世牵头的第二次反法同盟成立，法国在战争中丢失了意大利，在莱茵战场中略显颓势，并面临内部分裂。拿破仑相信他在法国能有更多作为，自作主张将埃及远征军交给让-巴蒂斯特·克莱贝尔，于8月22日至23日夜间在亚历山大港登船返国。两艘返国的舰艇成功躲过英国海军封锁，在科西嘉岛停留一阵子后，于10月9日回到法国内地。
第一执政
雾月政变与执政府
1799年10月拿破仑抵达法国，接受民众对他的欢呼与崇敬。1799年秋法国形势好转，马塞纳在苏黎世战役取胜，布律纳在荷兰歼灭英俄远征军，俄罗斯退出第二次反法同盟。然而督政府的无能深入人心，略为好转的局势未能扭转该印象，拿破仑被许多野心家视为能取代督政府的人物，包括西哀士督政、迪科督政、塔列朗、富歇等人和许多军官。他与盟友规划了政变过程，并联合巴黎地区的军队。1799年11月9日上午，即共和历雾月十八日上午，五百人院主席吕西安·波拿巴声称有对议员的阴谋，诱使议会将会议从杜伊勒里宫移至郊外的圣克卢宫。雾月十九日，莫罗抵达卢森堡宫，强迫五人督政中的两位辞职，保罗·巴拉斯也在认清形势后签署退职声明。与此同时，拿破仑前往圣克卢宫对议员讲话，上议院元老院反应冷淡，但会议位于橘园厅的五百人院群情激愤，高呼：“打倒暴君！”、“打倒独裁！”，并对拿破仑围攻动粗，将他赶出会场。吕西安·波拿巴此时争取到议会卫队的支持，声称五百人院有议员被英国黄金买通，议会卫队随后冲入场内清场。几个小时后，仍在场的议员们重新开会，投票同意立法机构休会六周。休会期间，两位前任督政西哀士、迪科与拿破仑组成临时执政政府，督政府就此结束。
拿破仑在成为三人执政后致力于发动二次政变，取得绝对权力。1799年12月24日，临时执政府颁布《共和八年宪法》。拿破仑成为第一执政，掌控行政大权，拥有颁布法律、任免官员与军官等权利，并免受立法机关监督。1800年2月17日，吕西安·波拿巴公布宪法公投结果，称约3,011,007名法国人投出赞同票，仅有1,562人反对。他至少造假了150万票，有意的使拿破仑的胜利更具压倒性。拿破仑在宪法中积极保护财产权，以拉拢商人、雇主等商业阶层，并透过创建国家宪兵与司法改革肃清严重的盗匪问题。他并未彻底清洗前政权，大部分督政府时期的议员仍留任，并积极争取不同党派的人才。他还劝说流亡者回国，争取到不少旧制度贵族的支持。他接着解决西南法国严重的保王党叛乱，利用赦免与铲除叛军领导人，成功大致平定叛乱。1800年1月17日，他关停了全法国73家报社中的60家，开始控制国内舆论。
拿破仑建立了高度集权的行政结构，将原先由地方选举的省长、区长与市长全部改为中央派遣，并进行成功的经济改革，使两年后的法国财政收入自美国独立战争首次达到收支平衡。他透过创办法兰西银行，稳定了极不稳定的法国货币币值与汇率，制造了良好的商业循环，对日后的战争提供大量资金。1802年，透过与教皇国的谈判，拿破仑确立天主教为法国大多数人的信仰，解决自大革命以来的宗教分裂。
马伦戈战役
1800年1月25日，拿破仑向军政大臣路易-亚历山大·贝尔蒂埃提出组建“预备军团”的想法，多达6万人的法军将在第戎集合备战，准备收复被反法同盟征服的北意大利。4月拿破仑为了欺骗外国间谍，故意在第戎公开检阅由老弱残兵与新兵组成的临时部队。法国的宣传机构也在全力运作，使反法同盟坚信拿破仑的预备军团不具战斗力。1800年5月6日，拿破仑离开巴黎，前往预备军团的所在地——日内瓦与洛桑。5月14日拿破仑让贝尔蒂埃名义指挥的预备军团南进，经大圣伯纳德山口翻越阿尔卑斯山向北意大利进军，该山口崎岖的羊肠小径，且覆盖着厚厚的积雪，对行军造成严重不便。另外四路部队也在拿破仑的命令下出发，沙布朗（英语：Joseph Chabran）将军的第五师经小圣伯纳德山口，向沙蒂永进军与贝尔蒂埃的主要部队会合；蒂罗（英语：Louis Marie Turreau）将军来自意大利军团的5,000人经塞尼山口，向都灵地区的奥军进攻；贝当古（法语：Antoine de Béthencourt）将军来自莱茵军团的3,000人，经辛普朗山口向阿罗纳进军；蒙塞将军来自莱茵军团的1.4万人，经圣哥达山口向伦巴第平原进军。
5月27日法军的先锋拉纳的部队占领奥斯塔谷大区，在沙蒂永击败一支奥军步兵团，但法军之后遭遇到比大圣伯纳德山口更艰钜的障碍物——巴尔堡，法军在守军炮火的压制下，只能让步兵部队先行通过，攻占下游的伊夫雷亚，而大部分火炮部队则被留在身后。6月2日，该堡垒在沙布朗的第五师抵达后，最终因法军的持续炮击投降。5月26日，拿破仑抵达伊夫雷亚后设想了三个进攻方案：1.向都灵推进，进攻奥军司令梅拉斯的主力部队，同蒂罗将军的部队会合。2.南下驰援热那亚，解除奥军对城中法军的围困。3.直奔米兰，夺取奥军的补给基地，同蒙塞将军的部队会合。拿破仑分析后决定采取第三方案，派出拉纳向西进攻，其余部队直攻东面的米兰。6月1日法军强渡提契诺河，在行进间击垮武卡索维奇将军的一个师，迫使敌军向贝加莫撤退。6月2日拿破仑再次以胜利者的姿态进入米兰，并接续占领帕维亚、布雷西亚等市镇，将意大利地区的奥军分割为两部分。
梅拉斯在收到情报后开始反攻，然而拿破仑也在接收到热那亚沦陷的消息后进攻。6月9日拉纳对卡斯泰焦的奥军进攻，在战斗中被奥军优势兵力重压，坚守至维克托的增援抵达，将奥军部队逐回蒙特贝洛。6月13日拿破仑的部队已渡过斯克里维亚河，他判断梅拉斯意在向热那亚撤退，分出部分预备队由路易·德赛指挥前往塞拉瓦莱阻断亚历山德里亚到热那亚的路径。13日下午，法军先锋抵达马伦戈平原，在激烈的战斗后将奥军驱离过河。然而法军误报奥军在过河时已将桥梁摧毁，使拿破仑判断梅拉斯完全放弃向东进攻的打算。14日上午9点，驻扎在亚历克山德里亚的奥军部队渡过博尔米达河，将法军赶出马伦戈，然而克勒曼的重骑兵旅及时赶到，将冒进的奥军击退。上午10点奥军再次进攻夺下卡斯特尔切利奥洛村，拿破仑投入执政卫队加强右翼，并派出作为预备队的莫尼耶（英语：Jean-Charles Monnier）师夺回该村。上午11点，拿破仑向德赛送出紧急命令，要求其急行军至马伦戈。有着兵力优势的奥军持续如潮水般的冲击法军，后者只能且战且退，勉强维持着阵形全军后撤。下午5点，德赛部队抵达战场，立即率领部队在炮火的掩护下发动反击，克勒曼的400名重骑兵也在侧翼发动冲锋，直接将敌军切成两段俘虏超过2,000人，彻底击破了奥军的士气。马伦戈战役令奥军阵亡963人、受伤5,518人、被俘2,921人，身为胜利者的法军则无可考证，但不幸的德赛是其中一员。拿破仑虽对好友的死悲痛欲绝，但依然为了政治目的造假好友的遗言与作战过程。6月15日双方签订《亚历克山德里亚公约》，梅拉斯将部队撤回奥地利领土。1801年，法奥两方签订《吕内维尔条约》，奥地利退出战争。英国也因大陆盟友都退出战争，只能于1802年与法国签订《亚眠和约》，结束第二次反法同盟战争。
改革之春
马伦戈的胜利结束了法国国内对拿破仑的一切争论，他的权力前所未有的稳固。由此拿破仑可以推行一系列改革。他任命著名法学家康巴塞雷斯主持《拿破仑法典》的编纂，这部民法典在政变的当晚就由拿破仑下令起草，很多条款由皇帝本人亲自参加讨论做最终确定，前后共进行了超过一百次立法会议，基本上符合了大革命初期提出的理性要求。法典于1804年正式实施，至两个多世纪后的今天依然是欧陆法系的基石，法国的现行法律之一，在其发展过程中对德国、西班牙、瑞士等国的立法也有重要影响。在政变结束后三周拿破仑向人民发布的公告中，他自豪地宣称：“公民们，大革命已经回到它当初借以发端的原则。大革命已经结束。”
拿破仑在位期间不断鼓励资本主义的发展，他成立法兰西银行，采用金银复本位制稳住了自指券发行以来就极不稳定的法国货币币值，法国的年纺织品产量在不到十年间就翻了四倍。北意大利与德意志地区的工业亦有很大发展，间接促成了之后德意志关税同盟的诞生。法国农村的治安状况在拿破仑执政后迅速好转，大革命时期被驱逐的天主教重新回归了，基层秩序开始重建，自吉伦特派当权以来的混乱局面至此终结。为了更好的进行贸易，拿破仑还在全国范围内推行公制，建立了一套以千克和米为基础的计量单位。在西欧各地，封建残余被拿破仑一扫而空：他放宽了财产法，取消了庄园制，废除了商人和工匠行会，使离婚合法化，废止了对犹太人的歧视性政策。宗教裁判所消失了，古老的神圣罗马帝国也被取消了。教会法庭和宗教权威被急剧削弱，法律面前人人平等的理念深入人心。
拿破仑在国内锐意改革，而在殖民地却恢复了奴隶制。1802年趁着短暂的和平，拿破仑以托斯卡纳大公国从西班牙换到了曾经法属路易斯安那的一部分，并计划在新大陆重建法兰西殖民帝国。他认为法国的境地相当危险，只有花最小的代价重建殖民地才能得到革命之胜利，而奴隶便是比工人更有效的工具。但仅仅一年后他就以1500万美元（折合法郎8000万）将路易斯安那卖给了美国，因为法军在新大陆饱受黄热病与印第安人起义的折磨，维持殖民地的代价远大于法国从那得到的原料。
法兰西皇帝
加冕
1804年法国参政院因拿破仑在担任第一执政期间曾遭遇过数次刺杀，在信件中向拿破仑提议，也许需要建立“其他制度”，以保障拿破仑的遗产、国家安定。同年3月28日，拿破仑回应道：“单单一条继承原则就能抑制反革命。”在舆论的支持下，议院各会一致同意建立拿破仑皇朝，并选定“皇帝”的称号。1804年5月18日，元老院法令正式授与第一执政拿破仑为法国皇帝。除此之外，元老院还任命六位显贵组成帝国御前会议，第二执政让-雅克·德·康巴塞雷斯被封为帝国大法官；第三执政夏尔-弗朗索瓦·勒布伦被封为帝国大司库；约瑟夫·波拿巴被封为大选帝侯；路易·波拿巴被封为皇室统帅；欧仁·德·博阿尔内被封为首席国务大臣；若阿尚·缪拉被封为海军元帅。拿破仑称帝后合并执政卫队和议会卫队为帝国卫队，并册封18位有功将军为“帝国元帅”。7月14日，在蒂雷纳子爵等民族英雄的遗骨移至荣军院的场合中，拿破仑首次授与了其建立的荣誉军团勋章。8月7日，是否赞同建立世袭帝国的全民公投结果公布，拿破仑的称帝得到人民的认同。12月1日，拿破仑与约瑟芬·德·博阿尔内因担心1796年政府婚礼的效力不足，在加冕礼的前一天以天主教仪式成婚。
1804年12月2日，拿破仑与约瑟芬在巴黎圣母院加冕。上午10点，拿破仑乘坐非常华丽的加冕马车从杜伊勒里宫启程。上午11点，拿破仑抵达圣母院，换上拖到脚踝的镶金丝缎长袍，外层套著以墨洛温王朝的代表物——金色蜜蜂为主题的天鹅绒披风。上午11点45分，拿破仑前往正式典礼，按照波旁王朝的礼制，教皇庇护七世在他的头部与双手上涂抹三层香油，但并未忏悔与服用圣餐。拿破仑在加冕时使用两顶皇冠——代表罗马帝国的金色月桂花冠与查理曼加冕冠的复制品，正如与教皇排演过的情景，头戴月桂花冠的拿破仑亲自将查理曼加冕冠复制品举过头顶，象征自我加冕，并为身旁的约瑟芬加冕。弥撒结束后，拿破仑发表加冕誓言：
我立誓维护共和国领土完整性；我发誓尊重信仰自由与《政教协定》中的法规，尊重平等、政治自由、公民自由与保护国有财产；我发誓无法律规定绝不加税；我发誓维护荣誉军团制度；我发誓只为法兰西人民的利益、幸福与荣耀而统治。
第三次反法同盟
战云密布
拿破仑早在1799年就首次向英国外交大臣格伦维尔男爵提出了停战建议，然而由于双方开出的条件差距过大，加之首相小威廉·皮特及国内民众长期以来的对法不信任立场，这些提议全部被断然拒绝。1801年2月，小威廉因为内政问题提交辞呈，温和派的亨利·阿丁顿接任首相，考虑到拿破仑已经稳定了法国的内外局势，英国又与俄国关系紧张，和谈进程终于重启。英法最终于次年的3月25日在亚眠签订和约，欧洲进入一段短暂的和平期。
不过英法双方都没有遵守和约的诚意，英国没有从马耳他撤军，同时保持着一支18万人的庞大军队。而拿破仑先是违反《吕内维尔和约》吞并了阿尔卑斯山南共和国，之后又率兵进入赫尔维蒂共和国。他还镇压海地革命，获取法属路易斯安那，试图在新大陆重建殖民帝国，这都是英国所不能忍耐的。
1803年1月30日，法国驻奥斯曼大使塞巴斯蒂亚尼在《环球报》（英语：Le Moniteur Universel）上公开表示，尽管远征失败，法国仍可以重新控制埃及。这段发言表现出法国仍有海外扩张的野心，同时激怒了英国与俄国人。2月在召见英国大使惠特沃斯勋爵（英语：Charles Whitworth, 1st Earl Whitworth）时，拿破仑威胁称英国如果不立即撤离马耳他，他将发动战争并夺回埃及。这次会谈让惠特沃斯感觉自己收到了最后通牒。3月份与外交官的公开会议上，波拿巴再次向英国大使施压。
1803年5月10日，英国要求法军立刻从荷兰与瑞士撤离，法国政府同意英军在马耳他驻扎十年，若36小时内收不到答复即撤回驻法大使。拿破仑拒绝英国提出的驻军要求，但表示在其他方面可以让步。英国没有答复拿破仑的提议，同时拒绝了俄皇亚历山大的调停与塔列朗最后一刻的和平努力。13日惠特沃斯离开巴黎，18日英国政府正式对法宣战，《亚眠和约》中缔结的和平至此结束。
乌尔姆战役
拿破仑开始在法国的海岸各地组建一支用于入侵英格兰的大型军团，其中军团总部、近卫军、苏尔特元帅的第四军、拉纳元帅的第五军位于滨海布洛涅；贝尔纳多特元帅的第一军位于汉诺威；马尔蒙将军的第二军位于乌得勒支；达武元帅的第三军位于布鲁日；内伊元帅的第六军位于蒙特勒伊；奥热罗元帅的第七军位于巴约讷。这支军团因出色的素质、机动与流畅度，被认为是远超其他军队的战争机器。法军备战期间，英国政治家积极联合其他国家对抗法国，并在1805年8月9日与俄罗斯与奥地利组建第三次反法同盟。同年8月26日，拿破仑指示贝尔蒂埃对“大军团”下达行军命令，法国陆军开始从海岸营地强行军至莱茵河，意图在俄军抵达中欧前击败奥地利。9月10日，奥军将军卡尔·马克率军进入巴伐利亚，在乌尔姆等待俄军增援部队的到来。9月25日，除了位于汉诺威的第一军与仍在国内的第七军外，法军主力部队抵达莱茵河一线。
9月25日拿破仑抵达斯特拉斯堡，亲自挥军东征，到10月12日法军已经占领慕尼黑。10月17日法军到达乌尔姆，由于行动速度出乎弗朗茨二世的意料，法军以仅仅6000人的代价就歼灭了7万名奥军。但俄奥联军的主力不断向东撤退，俄军主帅库图佐夫判断只要自己撤的够快，拿破仑最擅长的运动战就不可能在贫穷的奥地利发挥作用，最终其会被巨大的后勤压力拖垮。事实上库图佐夫的判断是准确的，由于奥地利的农村相较意大利极为贫穷，拿破仑的大军很难找到补给，这甚至比交战给法军带来的损失更大，而这一点将在八年后的俄法战争中彻底击溃大兵团。另一边奥地利不断试图拉近与普鲁士的关系，一旦威廉·弗里德里希三世入盟，瞬间就可以以20万人从北方夹击法军。正在这时，俄皇亚历山大一世等不及了，他迫切的想要反击法军，于是直接命令库图佐夫停止撤退，正面与拿破仑决战。弗朗茨二世也认为自己丢掉了维也纳，如果继续撤下去无法与奥军交代。无奈之下，库图佐夫与法军在拿破仑设下的陷阱奥兹特里茨村展开决战。
奥兹特里茨战役
12月2日早晨7点，拿破仑成名战奥兹特里茨战役打响。俄奥联军占领普拉岑高地，紧接着以大部队猛扑法军右翼的泰尔尼茨村。由于兵力薄弱，法军迅速丢掉了村子，但这只是拿破仑设下的诱饵，战前他已命令贝尔纳多特和达武元帅火速率兵回援。上午8点半，达武率兵抵达泰尔尼茨村并突袭联军左翼，很快夺回了据点。双方紧接着爆发了血腥的拉锯战，但联军无论如何也拿不下达武。法军的左翼由拉纳指挥，部署在桑顿山上，利用散兵战术也死死拖住了联军。上午9点15分，俄皇亚历山大一世命令普拉岑高地上的俄军增兵泰尔尼茨，这是他在这场战役中的最大失误。上午10点，看到俄军大部已经离开，拿破仑命令苏尔特元帅向普拉岑高地发起进攻。利用极大的人数优势，法军轻松占领了高地并开始架起大炮轰击联军两翼。库图佐夫意识到拿破仑的真实意图后，立刻将手中的一切预备队投入了对普拉岑高地的争夺，但为时已晚。贝尔纳多特率领的第一军赶到后迅速锁住了高地，联军在激战后被切成两半，败局已定。亚历山大一世的指挥部都被法军攻破，他本人孤身逃到了旁边的一个村子避难，第二天才被俄军找到。下午4点30分，天降小雪，拿破仑骑马巡视战场，法军向他致意，庆祝这辉煌的胜利。
奥斯特利茨战役中，联军损失超过26,000人，其中15,000人战死，超过10,000人被俘。此外还损失186门大炮，45面团旗。法军仅伤亡8,500人，损失1面团旗。弗朗茨二世在此战后意志崩溃，接受了法国开出的一切条件以达成议和，其中包括支付四千万英镑的赔款，取消神圣罗马帝国，允许德意志境内各邦组成法国的附属国“莱茵邦联”等。
第四次反法同盟
尽管威廉·弗里德里希十分忌惮拿破仑，但莱茵邦联的建立直接威胁到普鲁士的核心利益，加上英国与俄国不断承诺一旦开战绝对会以一切力量进行支援，决不让普鲁士孤军奋战。因此次年秋天，普鲁士与英俄同时对法宣战，组成第四次反法同盟。战争开始后，法军几乎是立刻开进了普鲁士领土，而普军高层还在对主动出击还是防守待援摇摆不定，大量普军在行动前就已被拿破仑分割歼灭。10月14日普军后卫3.5万人在耶拿被拿破仑全歼，然而拿破仑从俘虏口中得知普鲁士主力已然向北转移。与此同时原本离开奥尔施泰特向南支援拿破仑的达武却一头撞上了5.5万人的普军主力，因为人数是法军的三倍有余，威廉·弗里德里希有自信在拿破仑主力赶来之前围歼这支部队。达武冷静地采用散兵战术固守，并派出信使火速赶往拿破仑处。另一边由于接战仓促，普军并未摆出冲锋阵型，这给了达武拖住对方的机会。最终双方血战半日，威廉不得不在拿破仑回援前选择撤退，而达武抓住机会发动反击，一举打崩普军主力，是为耶拿-奥尔施泰特战役。
普鲁士在此战中几乎全军覆没，皇帝的部队不久后便开进了柏林，威廉·弗里德里希失去一切谈判筹码，不得不接受拿破仑开出的所有条件，包括吐出普鲁士瓜分的波兰领土建立华沙大公国，割让莱茵兰地区等。之后法俄两军在埃劳打了一仗，法军惨胜，但未能决定性的击败沙俄。1807年6月法军在波兰再次击败俄罗斯军队，俄皇亚历山大一世决定和谈，双方签定和平条约。在此前一年为了保护法国的本土工业，用资本主义巩固其在欧洲的统治，拿破仑颁布《柏林敕令》（法语：Décret de Berlin），宣布大陆封锁政策，禁止欧洲大陆与英伦的任何贸易往来，亚历山大一世表示同意，并说“自己将是今后英国第二讨厌的人”。
自此法国在欧洲大陆的霸主地位得到确立。拿破仑一世兼任法国皇帝、意大利国王、莱茵邦联保护者、瑞士联邦仲裁者，并分别封他的兄弟约瑟夫、路易、热罗姆为那不勒斯、荷兰和威斯特伐利亚国王。
入侵西班牙
1807年提尔西特条约签订后，拿破仑决定扩大大陆封锁体系，将征服葡萄牙视为当务之急。1807年10月27日，法国与西班牙签订枫丹白露条约，法西两国将派出联军进攻葡萄牙，并将其拆分成三个国家。法军将领朱诺率军越过比利牛斯山与西班牙合兵后，于11月30日进入里斯本。葡萄牙王室流亡巴西后，法国的盟国西班牙陷入了政治危机，国王卡洛斯四世与其子费尔南多相互争斗，拿破仑开始掌控西班牙的政局。1808年3月17日阿兰胡埃斯爆发起义，卡洛斯四世与其首相曼努埃尔·戈多伊被推翻，19日费尔南多王子即位。几天后，原就控制许多西班牙城镇的法国军队占领马德里。5月2日，正当拿破仑在巴约讷会见卡洛斯与费尔南多父子时，马德里爆发民众起义，而拿破仑在几天后便让哥哥约瑟夫登上西班牙王位。随后西班牙全国接连爆发起义，法军未能如设想一般控制西班牙。杜邦将军指挥的1.8万法军于7月19日在拜伦投降，朱诺将军的部队也在8月被韦尔斯利赶出葡萄牙，欧洲开始脱离法兰西帝国的控制。
震怒的拿破仑决定亲自干预西班牙战场，他先在与俄罗斯沙皇亚历山大一世的会谈中认可俄罗斯对芬兰与波兰的控制，接着威吓普鲁士与奥地利，还向英国提出和平协议。处理完外交事务后，拿破仑解散“大军团”，将该军团中的13万人调至西班牙战场，与8万新军组成新成立的西班牙军团（Armée d'Espagne）。这支军团将面对12.5万人的西班牙一线部队、8万人的西班牙二线部队、民兵以及远道而来的英国部队。拿破仑计划勒菲弗第四军与维克托第一军进攻华金·布莱克的部队，内伊第六军与蒙塞第三军进攻卡斯塔尼奥斯与帕拉福斯的部队，将西班牙军队的两翼歼灭，而他本人则率领主力部队进攻西班牙中路。然而由于勒菲弗的冒进，布莱克的部队免于覆灭的命运。尽管如此，维克托军还是在11月10日追上布莱克的部队，在埃斯皮诺萨将其击溃。与此同时，苏尔特元帅指挥的主力部队前锋在加莫纳尔战役打垮西军，使西班牙中部地区门户大开。在右翼与中路都取得成功后，拉纳元帅指挥的第三军也在几天后的图德拉战役击溃敌军，瓦解左翼的威胁。11月30日，法军中的波兰骑兵在索莫谢拉战役中，以一个中队之力夺下四个西班牙炮兵阵地，打通通往马德里的道路。12月4日，拿破仑进入西班牙首都马德里。
拿破仑决定继续征服西班牙南部与葡萄牙，抵达不久的莫尔捷第五军与第三军会合，投入血腥的萨拉戈萨围城战；圣西尔第七军前往巴塞罗那，开始征服加泰罗尼亚地区；苏尔特的部队前往卡斯蒂利亚与莱昂地区，镇压当地的起义；勒菲弗第四军与维克托第一军分别向里斯本与塞维利亚推进。11月28日，英国远征军司令约翰·摩尔下令西班牙地区的所有英军避战。然而因一些错误情报，摩尔决定取消撤退，在萨拉曼卡集中兵力后主动向北朝拿破仑进攻。拿破仑在发现摩尔的行踪后，立即集中兵力试图歼灭这支部队，摩尔的部队被迫向科鲁尼亚撤退。1809年1月1日，拿破仑将追击英军的任务转交给苏尔特元帅，改为处理其他重要事务。1月16日，法军与英军在科鲁尼亚爆发战斗，英军司令摩尔意外毙命，英军搭乘舰队撤离。法军在1808年的雷霆一击虽重创了西班牙正规军，但并未瓦解西班牙的抵抗，最终让此地成为法兰西帝国崩溃的推手。
第五次反法同盟
1808年10月，拿破仑解散“大军团”，从德意志地区撤出十万八千名部队，以支援在西班牙作战的法军，剩余部队7.5万人的部队则改组为“莱茵军团”，由达武元帅指挥。这让奥地利帝国中的主战派在朝堂上声势大振，获得皇帝弗朗茨二世的支持。奥军总司令卡尔大公虽对能否成功有所怀疑，但还是接受奥皇的决策开始备战及动员部队。第五次反法同盟正式成立，成员国包含奥地利、英国、葡萄牙、西班牙、西西里及撒丁等国，然而这场对法战争中却大多都由奥地利负责。1809年1月23日，拿破仑回到巴黎，提前征招1810年度的新兵，为即将爆发的中欧战事筹组兵力，并要求法国的德意志盟国必须动员，将部队置于法军指挥。他命令贝尔蒂埃为新成立的“德意志军团”司令，在3月30日为他拟定好面对战况时的作战策略。该策略共有两套方案：1.如奥军在4月15日后进攻，法军将分成四个集团：达武的第三军部署在纽伦堡以北，拉纳的第二军与贝西埃的骑兵预备队部署在雷根斯堡，勒菲弗的第七军掩护慕尼黑到施特劳宾附近的多瑙河地带，马塞纳的第四军部署在奥古斯堡以北的莱希河。2.如奥军在4月15日前进攻，法军将集中在多瑙沃特、英戈尔施塔特与奥古斯堡区域。
雷根斯堡战役
1809年4月10日上午3点至4点时分，奥地利陆军越过国界向法国的盟国巴伐利亚发动进攻。奥军的推进相当顺利，仅有恶劣的道路状况与冻结的雨水减缓了他们的推进速度，在4月15日已经兵临伊萨尔河。拿破仑对奥军的进展感到惊讶但并不担忧，因为他认为他早已将对敌方案详述给“德意志军团”司令贝尔蒂埃，然而后者搞错了两套方案的使用，下令法军进行无目的地行军与反行军，使部队陷入混乱与危机。奥军主力即将直插雷根斯堡以南的破口，并向孤立在雷根斯堡的达武第三军进攻。4月17日上午4点，拿破仑抵达多瑙沃特，在收到局势报告后开始调度，利用第三军与第七军牵制住奥军，其余法军则向奥军主力后方进攻。
4月19日，从雷根斯堡向西南撤退的达武第三军在托伊根-豪森遭到奥军的拦截，法军成功击败两倍与己的敌军，打通与大部队会合的道路。4月20日，拿破仑在阿本斯贝格之战中粉碎奥军的左翼部队，迫使该部队撤退超过12公里，并与大部队分开。拿破仑误以为他打击的是奥军的主力，决定继续追击，在4月21日的兰休特战役后将敌军驱过伊萨尔河。4月22日，拿破仑收到达武的求援信，埃克米尔的法军正被卡尔大公亲率的奥军主力进攻。拿破仑率部急行军至北，袭击卡尔大公的侧翼，惊讶的奥军向雷根斯堡的多瑙河桥头溃退。4月23日，追击的法军在雷根斯堡与卡尔大公的后卫交战，最终夺下整座城市与渡桥，奥军撤往波希米亚。法军在数天的战役中赢得五场战斗，以自身损失1.6万人的代价，给予奥军4.5万人至5万人的损失，奥军仅因控制着雷根斯堡才没有被歼灭。拿破仑在日后将此战役称为他“最伟大的战役”，他在短短几天内彻底扭转战争的走势。
拿破仑决定乘胜追击，于4月24日下令向维也纳进军，而非追击卡尔大公的主力军团。马塞纳第四军担任前卫部队，奉命追击先前撤退的奥军左翼。4月27日马塞纳渡过因河、5月3日又在埃珀斯贝格迫使奥军撤退。5月8日，被追击的奥军部队渡过多瑙河与卡尔大公的主力会合。5月13日，在拿破仑离开巴黎的三十天后，法军攻陷奥地利帝国首都维也纳。
阿斯珀恩-埃斯灵与瓦格拉姆
拿破仑攻陷维也纳的行动成功损害奥地利的战争潜力与震摄潜在的反法同盟成员，但他未能迫使卡尔大公在多瑙河以南与他决战。原先寄望经维也纳渡过多瑙河的设想，也因奥军摧毁所有渡桥而破灭。多瑙河上的洛鲍岛被选为法军的新渡河点，法军经过周密的准备，在5月19日占领了该岛。法军继续架桥前进，在5月20日占领北岸的阿斯珀恩村与埃斯灵村。同日下午3点，卡尔大公得知法军正在进行渡河行动，于是下令全军向前推进，组成一个长12公里的弧线。8月21日卡尔大公下令向已经过河的法军进攻，奥军主力军团（Hauptarmee）拥有多达9.8万人和292门火炮，而马塞纳元帅指挥的北岸法军只有2.4万人和40门火炮（包含三个步兵师、4,500名轻骑兵与2,500名重骑兵）。正当拿破仑准备调兵支援马塞纳时，汹涌的多瑙河冲垮了法军的渡桥。拿破仑随即改变法军的部署，马塞纳指挥莫利托师与勒格朗师把守阿斯珀恩村，拉纳指挥布代师把守埃斯灵村，贝西埃指挥骑兵部队部署在两村之间。阿斯珀恩村的法军在重压下丢失了部分村庄的控制权，而埃斯灵村的法军继续掌握全村。当日夜晚10点，法军成功修复渡桥，北岸法军增加至7.1万人（6万步兵与1.1万骑兵）和152门火炮。5月22日，马塞纳在凌晨7点重夺阿斯珀恩村，拉纳瓦解奥军对埃斯灵村的进攻，拿破仑准备发动一次中路攻势。拉纳率领的第二军在重骑兵的支援下，向奥军中路冲击，然而法军的进攻很快就被阻止，更糟的是法军的渡桥再次被摧毁。下午时分，双方又再次在两个村中交战，法军继续控制着埃斯灵，而在阿斯珀恩与奥军交缠。下午4点，拿破仑决定撤回洛鲍岛，由马塞纳掩护大部队撤退。阿斯珀恩-埃斯灵之战令奥军伤亡2.3万人，而法军则为2万人，其中就有拿破仑的好友拉纳元帅。
拿破仑在5月下旬下令除第四军以外的法军撤出洛鲍岛，回到多瑙河南岸。法军在接下来的六周中将许多火炮移至洛鲍岛，并成功召集了马尔蒙的达尔马提亚军、贝尔纳多特的第九军、欧仁亲王的意大利军团（下辖麦克唐纳军和格勒尼耶军）与弗雷德的巴伐利亚师，这些部队加上先前抵达的达武第三军，让法军激增至17.2万人与475门火炮。7月4日夜晚法军开始行动，超过15万人与400门火炮在24小时内渡过多瑙河，在7月5日夜晚前夺下阿斯珀恩村与埃斯灵村。法军成功推进至马希费尔德平原，开始向瓦格拉姆的奥军发动进攻，但由于指挥系统的出错，法军各部队并未同时展开行动，数次攻势都以失败告终。7月5日深夜，先前尚未过河的马尔蒙军与巴伐利亚师也抵达战场，拿破仑调整部署，将马塞纳军从左翼调往中路，留下该军的布代师把守法军的左翼阿斯珀恩村，达武军所在的右翼则将作为主攻方向，发动侧翼攻势席卷奥军的阵线。7月6日上午4点，奥地利第四军对达武军发动进攻，成功驱离达武的前卫部队，但由于法军部队的迅速增援，孤立的奥地利第四军深陷险境，卡尔大公下令该部队撤回初始位置。之后奥军第一军成功击溃中路的贝尔纳多特军，占领阿德克拉村。左侧的马塞纳军立即前往支援，阿德克拉村数次易主，最终被马塞纳夺回。同时，孤立的布代师在左翼直面奥军第六军的进攻，放弃了阿斯珀恩村与埃斯灵村，奥军第三军也行军至马塞纳军的侧翼，法军的左翼与中路濒临崩溃。拿破仑随即做出一系列“创造军事历史”的决策，他告知右翼的达武军准备进行侧翼进攻。为了使此侧翼攻势成功进行，马塞纳军撤出重要的阿德克拉村，向左转90度前往阻击左后方的奥军第六军；麦克唐纳军的三个师也向左转90度，组成空心方阵向奥军中路反击；劳里斯顿的炮兵部队组成超过100门火炮的大炮阵，负责掩护马塞纳部队留下的巨大缺口与预备麦克唐纳部队的进攻；乌迪诺军则在达武军进攻后，向奥军的高地冲锋。拿破仑在随后的战斗中投入除了老近卫军外的所有部队，奥军在所有阵线都受到压迫，下午2点30分卡尔大公下令撤退。瓦格拉姆之战是当时欧洲最大规模的战役，两支军队在战役中共伤亡与被俘将近7.4万人。法军在战斗中辉煌的机动作战，展现出拿破仑在大规模战役的天才和法军出色的指挥层与基层素质。
7月9日拿破仑得知撤退中的奥军主力军团（Hauptarmee）正经过兹奈姆，7月10日马尔蒙的第十一军追上奥军，为了阻止奥军的继续撤退，马尔蒙向三倍兵力的奥军发动进攻。7月11日，拿破仑与马塞纳率军抵达战场，将兵力劣势拉低至二比一。当天夜晚，双方宣布停火，并在12日签署停战协议。然而这项协议之后被奥地利皇帝弗朗茨二世否决，因为4万名英军刚在荷兰瓦尔赫伦岛登陆，弗朗茨试图在求和前取得更好的谈判地位，但这次远征以灾难告终，奥地利在9月时开始谈判。1809年10月14日，法国与奥地利签订《申布伦条约》，奥地利损失350万人口，兵力被限制在15万人，并被迫加入大陆体系。拿破仑随后在12月16日因帝国继承人问题与约瑟芬·德·博阿尔内离婚，并于1810年4月1日与奥地利公主玛丽·路易丝结婚。
俄法战争
1810年法俄同盟之间的嫌隙开始扩大，主要问题出自两国对波兰问题的不同看法，以及俄罗斯经济在大陆封锁体系下面临的困境。俄罗斯濒临崩溃的经济迫使其放开对中立国与英国的贸易，这一举动严重违反拿破仑建构的大陆体系，法军准备对俄罗斯帝国发动大规模入侵。法俄两国在明白战争不可避免后，都开始了双方有史以来最大规模的备战计划。俄罗斯在1810年开始将法国视为敌人后，针对将采取进攻或防守战略发生了激烈的辩论，直到1812年才决定采用防守战略。1810年9月，沙皇亚历山大一世批准巴克莱-德托利的建议，同意扩充军队、实施深层的军事与社会改革，俄军正规军到1812年6月时已有60万人在列。拿破仑征招了1811年与1812年的新兵与北德意志地区的驻军，组成十二个军（八个普通军与四个骑兵军），在维斯瓦河谷组建了一个大型后勤基地，并在但泽、斯德丁、华沙等地组建了后勤基地与车队，供给整个“大军团”40天的战役补给。拿破仑希望尽早与俄军接触，于三周内在边境区域取得决定性胜利。整个大军团在1812年春共有60万人、1,372门火炮与18万匹马，其中一半的部队都来自于法兰西帝国的盟友。
入侵
1812年6月24日清晨埃布莱将军的舟桥兵在尼曼河架起三座浮桥，法国大军团部队信心十足地渡过河流，俄法战争爆发。拿破仑指挥的主力部队在同日经考纳斯过河，人数超过23万名士兵，其中有帝国卫队、达武第一军、乌迪诺第二军、内伊第三军、南苏蒂第一骑兵军与蒙布兰第二骑兵军。欧仁亲王指挥的第二波部队在6月30日经皮利约纳过河，人数约6.7万名士兵，其中有欧仁第四军、圣西尔第六军与格鲁希第三骑兵军。这两支部队将打击巴克莱-德托利的俄军第一西方军团。热罗姆·波拿巴指挥的第三波部队在7月1日经格罗德诺过河，人数约7.8万人，其中有波尼亚托夫斯基第五军、雷尼耶第七军、旺达姆第八军与拉图尔-莫布尔第四骑兵军。这支部队将打击巴格拉季昂的俄军第二西方军团。此外还有北翼的麦克唐纳第十军与南翼的施瓦岑贝格奥地利军。
拿破仑打算使用一次大型的侧翼机动作战，如果这次作战取得成功，法军将包围两个俄军西方军团，并用优势兵力粉碎敌军。然而俄军军团成功躲过灾难，他们在6月28日拿破仑抵达维尔纳前就已向东方撤退。拿破仑发现俄军第一西方军团撤往德里萨营地的行动导致两个俄军军团间的缺口增大，他抓住机会，下令达武的第一军与热罗姆的部队分别从北方与西方包围俄军第二西方军团，但由于热罗姆的延误，巴格拉季昂成功率领军团逃脱包围圈。尽管如此，达武仍堵住了巴格拉季昂经由明斯克向第一西方军团会合的道路。此时法军由于俄军的焦土战略与后勤问题，受到的消耗更大于俄军，已经出现大量非战斗减员。热罗姆·波拿巴因为战事指挥不力被拿破仑撤职，达武元帅接管热罗姆的原部队。7月20日达武占领莫吉廖夫，并在7月23日击败巴格拉季昂的部队，俄军两军会师的计划再次失利。与此同时，巴克莱-德托利的部队在7月23日抵达维捷布斯克，并派出奥斯特曼-托尔斯泰伯爵的第四军减缓法军的推进。7月25日，法军在奥斯特罗夫诺击败俄军第四军。7月26日夜晚，巴克莱得知巴格拉季昂的行军已被挫败，两支军团近期内不可能会师。他在隔天下午下令撤出维捷布斯克，继续向东朝斯摩棱斯克撤退。8月2日，俄军第一与第二西方军团终于在斯摩棱斯克会师，俄军第一阶段的大规模撤退结束。
此时的俄军高层陷入党派相争，波罗的海德意志人出身的巴克莱-德托利为首的德裔集团与格鲁吉亚人出身的巴格拉季昂为首的俄裔集团在作战计划上发生分歧，尽管巴克莱是两个军团的总司令，但巴格拉季昂提出的进攻计划得到军队的支持。拿破仑预料到俄军主动进攻的意图，展开名为“斯摩棱斯克机动”的高超作战，法军全军组成“营方阵”（bataillon carré），发动征俄以来最接近胜利的进军。8月10日拿破仑下令开始行动，法军的行动在庞大的骑兵掩护下并未被俄军发现。8月13日深夜埃布莱将军的舟桥兵在第聂伯河架起三座浮桥，法国大军团部队迅速过河抵达左岸，在隔天天亮时开始向斯摩棱斯克推进。8月14日下午，法军向克拉斯内进攻，驻守在当地的俄军部队被迫后撤，俄军将领也终于确认法军的真实动向。8月16日，法军第三军与骑兵军赶到斯摩棱斯克城下，但直至日暮时都未能攻下城市。8月17日拿破仑对斯摩棱斯克发动强攻，试图歼灭，而非驱逐刚撤退回城中的俄军第一与第二西方军团。当天夜晚，巴克莱在一众高级将领的反对下，下令俄军撤出斯摩棱斯克城，这一反常的行径（放弃“抵御西方入侵的象征”、“历史名城”斯摩棱斯克）使拿破仑的盘算落空。俄军的撤退遭遇到许多困难，法军在8月19日赶在俄军第一西方军团抵达前逼近卢比诺，这支军团几乎可被确定将被歼灭，但由于朱诺第八军的不为所动，俄军成功逃脱，继续向莫斯科撤退。
博罗季诺战役与莫斯科
到目前为止，俄罗斯军队不断后撤的情势已经严重影响到总司令米哈伊尔·巴克莱-德托利的威信，俄罗斯军方与贵族中要求替换指挥官的声音愈发强烈。8月20日，曾在奥斯特利茨战役中担任俄军总司令的米哈伊尔·库图佐夫成为新任总指挥，巴克莱继续担任第一西方军团司令。8月29日库图佐夫抵达察廖夫与军队会合，他在视察部队后决定继续后撤，并向沙皇亚历山大一世保证他会发动一场保卫莫斯科的阵地战。8月31日俄军抵达库图佐夫预定的作战地点格扎特斯克，但参谋长莱温·冯·本尼希森表示他找到更好的作战位置，该地位于莫斯科以西115公里的博罗季诺村旁。俄军在9月3日抵达博罗季诺，并在其后几天得到来自米拉多维奇将军部下与当地民兵共3万多人的支援。俄军到达目的地后，立即修建临时的防御工事，并将部队布置到规划的阵地中：实力较强的巴克莱第一西方军团被布置在俄军阵地的右翼与中路，该区域包含一个绰号“拉耶夫斯基堡”的野战工事；实力较弱的巴格拉季昂第二西方军团被布置在俄军阵地的左翼，该区域包含三个绰号“巴格拉季昂箭头堡”的野战工事。8月31日拿破仑得知俄军更换最高指挥，9月5日法军抵达博罗季诺附近。拿破仑在同日下令对俄军左翼的舍瓦尔季诺多面堡发动进攻，达武第一军的孔庞师、波尼亚托夫斯基第五军的克拉辛斯基师与克尼亚杰维奇师在南苏蒂骑兵军与蒙布兰骑兵军的支援下攻击多面堡。法军在激烈的刺刀战后夺取堡垒，但随后被增援的俄军赶出战场，直到午夜时分才最终控制战场。
1812年9月7日上午6点三个大型法军炮兵连开火射击，双方炮兵部队剧烈交火，博罗季诺战役爆发。欧仁亲王第四军率先行动，向博罗季诺的俄军发动进攻，将损失惨重的俄军近卫列兵团逐出战场，赶过科洛恰河。占据博罗季诺的法军部队向俄军溃兵展开追击，但在渡河后被俄军击退。巴克莱-德托利随即下令部队撤回主要阵地，法军炮兵成功向前推进，使其得以在良好阵地中布置火炮打击“拉耶夫斯基堡”与位于高尔基的俄军炮兵阵地。上午8点，波尼亚托夫斯基第五军与俄军左翼的第三军交锋，俄军在法军推进后放弃乌季察村，移至东侧的阵地继续与法军战斗。上午10点，拿破仑下令达武第一军进攻“巴格拉季昂箭头堡”，而内伊第三军也在不久后投入战斗，俄军部分部队遭到毁灭性打击，包含巴格拉季昂在内的部分高级将领都因伤退出战斗。与此同时，在博罗季诺修整的欧仁亲王第四军向“拉耶夫斯基堡”进攻，俄军在猛烈的炮火与法军冲锋的打击下迅速溃逃，但法军被随后抵达的俄军击败。此时，拿破仑下令达武第一军的弗里昂师、南苏蒂第一骑兵军与拉图尔-莫布尔第四骑兵军向谢苗诺夫斯科耶村进攻，俄军在激烈的战斗后放弃谢苗诺夫斯科耶，其中路阵地濒临崩溃。然而当缪拉向拿破仑寻求增援时，发着高烧的拿破仑表示拒绝动用近卫军预备队，使法军错过一个绝佳机会。随后拿破仑收到报告说一支庞大的俄军部队正迂回至法军左翼，他立即下令第三骑兵军司令格鲁希前去阻击，并将正进攻俄军中路的部队调至法军左翼。虽然格鲁希轻松摧毁进攻的俄军骑兵部队，但由于大量法军被调至左翼去遏制进攻，俄军得以稳固其残破的中路。9日8日，库图佐夫下令俄军向东撤退，被迫丢下数以千计的伤员。这场战役令13万人的法军部队伤亡35,000人，而15万人的俄军部队则为45,000至50,000人，其中有超过21,000人为巴格拉季昂的第二西方军团。1812年9月12日，法军进入莫斯科。拿破仑本以为亚历山大一世将会妥协，未料到迎接他的却是莫斯科全城的大火。
向别列津纳河撤退
1812年10月19日，由于无法迫使俄罗斯谈和，拿破仑下令撤出莫斯科，向俄军的补给基地卡卢加推进。他沿着通往塔鲁季诺的旧卡卢加路推进，接着在半路经福明斯科耶改道至新卡卢加路，意图抢在俄军之前抵达卡卢加。俄军总司令库图佐夫在10月22日得知法军的动向后，下令多赫图罗夫将军前往小雅罗斯拉韦茨阻击法军前进。10月23日晚间，欧仁亲王指挥的法军前卫攻入城镇。10月24日，俄军先遣部队进入城镇，双方战线在城镇中来回拉锯，直到法军在日落时控制了城镇。库图佐夫在次日退往卡卢加，拿破仑则在两天后决定向莫扎伊斯克撤退，抵达该地后再向斯摩棱斯克撤退。这次撤退对法军来说是场灾难，他们在无粮的情况下沿着荒芜的道路高速撤退，抛弃了大量辎重、伤病员与马匹。法军在十月底时抵达莫扎伊斯克，开始沿着“莫斯科-斯摩棱斯克道路”向斯摩棱斯克撤退。俄军将领米洛拉多维奇在11月3日试图切断达武指挥的后卫部队与其余法军的联系，但由于其他法军部队的迅速增援而失败，达武军的多数部队成功逃脱。这场战斗再次证明法军的脆弱，他们几乎没有任何骑兵、炮兵部队也虚弱不堪，拿破仑本部第一次在俄法战争中承受远高于俄军的损失。11月9日拿破仑抵达斯摩棱斯克，并在五天后继续向边境撤退。此时的法军已从刚离开莫斯科时的10万人锐减至4.1万人在列。
11月15日傍晚，拿破仑与近卫军抵达克拉斯内村，以此为据点等待仍在斯摩棱斯克的部队。同日下午11点，法军近卫第二师向附近的俄军发动夜袭，计划在午夜时进攻。11月16日凌晨2点，法军分成三路纵队突袭库特科沃村的俄军部队，两翼夹击后将对手击溃并控制村庄。同日上午，欧仁亲王的第四军离开斯摩棱斯克，承受着俄军猛烈的炮火与优势兵力的围剿，在夜色中绕路突围与拿破仑会合。11月17日，8万俄军聚集在拿破仑的右翼，试图切断其与达武第一军与内伊第三军的联系。此时拿破仑仅剩下1.4万名近卫步兵、几个中队的近卫骑兵、400名骑兵与残存的欧仁第四军，他下令莫尔捷元帅的5,000人的青年近卫军把守克拉斯内东部与东南部的地带，接应即将抵达的达武第一军。随后拿破仑指挥近卫军向俄军进攻，成功迫使惊讶的敌军向南撤退，确保向西撤退的路径依然对法军敞开。与此同时，俄军优势火力不断打击试图与拿破仑会合的达武军，并在火炮撕裂法军的阵型后发动骑兵冲锋，但莫朗第一师成功稳住局势，将庞大的骑兵部队驱离。在达武军抵达后，拿破仑下令青年近卫军与第一军的残部全力抵抗，让老近卫军、近卫骑兵与第一军第五师优先撤离。几个小时后，莫尔捷下令崩溃的部队撤出战场。11月18日，内伊元帅率领的孤军在其他法军先行撤退后试图通过克拉斯内，但在强攻失败后只能趁夜色向北绕道撤离，越过第聂伯河与拿破仑会合。这一系列从11月15日至11月18日的克拉斯内消耗战，严重打击濒临崩溃的法军，有多达1万名法军死伤与2万名法军被俘虏、冻死或饿死。但总结来说，法军指挥层仍展现持久的韧性，特别是内伊元帅所部，他凭借超人的勇猛率残部遇过冰封的第聂伯河，此举被公认为壮举与奇迹。而此时在国内又有人策划政变失败，令他不得不返回法国，最后回到法国控制区的只有3万多人。
第六次反法同盟
1812年12月25日“大军团”残部抵达维尔诺，拿破仑将军队交给缪拉后，返回巴黎以稳住国内局势与征招新军。拿破仑抵达巴黎后，立即征招超过35万名新军，解决至关紧要的兵源问题。然而这支新军不仅缺乏有作战经验的老兵与军官，还缺少大量骑兵与马匹。1813年3月12日，拿破仑发布新军的编制，达武元帅指挥第一军、维克托元帅指挥第二军、内伊元帅指挥第三军、贝特朗将军指挥第四军、劳里斯顿将军指挥第五军、马尔蒙元帅指挥第六军、雷尼耶将军指挥第七军、波尼亚托夫斯基亲王指挥第八军、奥热罗元帅指挥第九军、拉普将军指挥第十军、麦克唐纳元帅指挥第十一军，以及一支综合兵种的近卫军，这些部队将分别部署在欧仁亲王指挥的“易北军团”与他本人指挥的“美茵军团”。在拿破仑备战的同时，俄罗斯帝国陆军越过奥得河并成功拉拢普鲁士王国与瑞典王国，组建第六次反法同盟。
吕岑战役至休战
1813年4月17日拿破仑抵达美因茨，处理“美茵军团”糟糕的行政与财政情况。4月30日他在魏森费尔斯建立了大本营，组建一支新军——第十二军，并与南下的“易北军团”会师。5月1日上午，拿破仑渡过萨尔河向莱比锡推进，在里帕赫溪流与敌军前哨相遇，近卫骑兵司令贝西埃元帅在战斗中不幸身亡。5月2日联军司令维特根施泰恩下令对吕岑周遭的法军进攻。上午11点30分普鲁士将军布吕歇尔的部队向位于吕岑北部的内伊第三军发动袭击，普军在40分钟的炮击后，向大格尔申与斯塔尔西埃德尔村进攻，随后原先的突击战变成惨烈的拉锯战，双方不断争夺战场上的村落。下午2点30分拿破仑抵达战场，加强濒临崩溃的中军部队，并下令增援部队迅速赶来。黄昏时分，麦克唐纳军以包抄行动威胁联军右翼，贝特朗军则威吓联军左翼，迫使联军投入最后的预备队。拿破仑在下午6点时领导对联军中路的突破，联军撤出战场。
联军在战斗后向东退往德累斯顿，并在几天后放弃该地继续撤退。拿破仑在几天后将追击不善的“易北军团”解散，重新建立一支由内伊元帅指挥的军团。5月8日拿破仑进入德累斯顿，并争取到萨克森国王弗里德里希·奥古斯特一世的支持。联军于5月12日抵达包岑，在该地修整一星期，并得到巴克莱-德托利部队的增援。5月20日包岑战役爆发，拿破仑下令法军对包岑的联军战线进行总攻击，联军的行动如同拿破仑的计划，俄皇亚历山大一世加强了其左翼部队，并未发觉其右翼的弱点。隔天上午，法军继续对联军整条战线进攻，但也开始打击联军右翼远端巴克莱-德托利的部队。然而正当法军击败巴克莱，得以包抄并切断联军退路时，内伊元帅冲昏了头，转而进攻联军自身右侧的布吕歇尔，让联军安然撤退逃过一场歼灭战。对拿破仑而言，包岑战役的结果令人失望，他并未打出一场决定性胜利，如弗里德兰战役一样的大胜从他手中溜走。5月22日，当法军在赖兴巴赫接敌时，拿破仑又失去了一位好友，宫廷司礼官弗柳尔公爵热罗·迪罗克被炮弹击中身亡。深陷分歧与混乱的联军向上西利西亚撤退，在发现当地防备空虚又缺乏补给后，在6月2日决定渡过奥得河退往波兰。然而令人惊讶的是，拿破仑接受非参战国奥地利的调停，命令他的使者于6月4日缔结《普莱斯维茨休战协定》。尽管他有许多做出此决定的理由，包含需要整顿他弱于联军的骑兵部队、安置大量的伤病员、避免拉长补给线和建立要塞化的补给基地，但这些作法得到的利益都无法与继续向波兰推进、分割俄普联军和让奥地利保持中立等诸多好处比拟。后来拿破仑写道，这是他一生中最糟糕的决定之一。
停战期间，双方都加紧恢复自身受重创的部队，并展开一系列外交谈判。6月上旬，仍处于中立状态的奥地利帝国高层进行了一系列会谈，决定是否加入对法战争。最终他们提出一些基本和平条件，分别为下列四点：华沙大公国必须被俄罗斯、奥地利与普鲁士瓜分；普鲁士被需拿回但泽，拿破仑还需撤出所有位于普鲁士与波兰的要塞；伊利里亚必须归还奥地利；汉堡与吕贝克需立刻恢复独立，其他被法国占领的北海与波罗的海沿海要塞应在适当时间独立。6月26日，拿破仑与奥地利外交大臣梅特涅在德累斯顿马科利尼宫的中华室会面，梅特涅在会谈中提出的条件似乎远超原先拟定的和平条件，导致会谈以无结果结束。到了7月29日，在布拉格举行的谈判再次无疾而终。8月7日，梅特涅再次重申四点基本和平条件，但高傲的拿破仑无法接受他眼中的耻辱和平。
在奥地利对法宣战后，奥地利陆军元帅施瓦岑贝格亲王被任命为联军总指挥。联军的作战原则上应该遵循着1813年7月10日至12日俄罗斯、普鲁士、瑞典在特拉亨贝格拟定对法作战的“特拉亨贝格计划”，其中宣称：“除非其他联军军团能够加入会战，否则所有联军军团现在都必须回避与拿破仑本人作战。”按照该计划，联军组建了三个军团，其中有总指挥施瓦岑贝格亲自指挥的“波希米亚军团”，其人数约22万名士兵，由12万奥军与10万俄普联军组成；瑞典王储贝尔纳多特指挥的“北方军团”，其人数约11万人，由普俄瑞联军组成；普鲁士将军布吕歇尔指挥的“西里西亚军团”，其人数约8.5万名士兵，由普俄联军组成。
德累斯顿与莱比锡
1813年8月10日，双方协议的停火时限截止。布吕歇尔率先进攻，于8月13日入侵西里西亚境内的中立区域，成功吸引着法军的注意力。8月21日，布吕歇尔在布布尔河发现拿破仑抵达后，根据“特拉亨贝格计划”做出决定，撤回原先出发的卡茨巴赫河。拿破仑持续追击联军，让联军在8月21日至23日承受8千人伤亡或失踪的损失。8月23日，拿破仑在意识到德累斯顿有危险后，率领近卫军、马尔蒙军与维克托军折返迎击入侵萨克森的施瓦岑贝格，将留下的部队编成“布布尔军团”，交给麦克唐纳元帅指挥。8月26日，拿破仑抵达德累斯顿。下午4点联军发动进攻，由于连续的大雨使滑膛枪失去作用，双方都靠大炮与刺刀搏杀，联军没有取得任何进展，而受拿破仑之令迂回联军右翼的法军部队取得成功，占领联军撤退的主要路径。27日，拿破仑对联军两翼发起反攻，左翼的奥军部队受到毁灭性打击，约1.6万人被俘虏。下午时分，施瓦岑贝格下令撤军，将联军分成三支部队后经不同路径撤往波希米亚。
拿破仑在会战胜利后下令追击敌军，旺达姆军作为进攻箭头进入波希米亚，但在无支援的情况遭到敌军歼灭。9月6日，向柏林进军的内伊军被打的溃不成军。这两次失利与先前乌迪诺和麦克唐纳的惨败，让主动权转移到联军手中。9月27日，联军作战计划开始，施瓦岑贝格开始北进前往莱比锡、布吕歇尔与贝尔纳多特的部队也在两天后开始北进。反法同盟决心将三个军团都聚集在莱比锡，与拿破仑展开一场决定性会战。10月7日，拿破仑离开德累斯顿前往迈森，在权衡后向莱比锡进军，于14日抵达莱比锡。10月16日早晨，联军发动向心进攻，四个攻击集团从多个地点对法军打击，“民族会战”就此开始。联军起初在北部的战事进展顺利，但在西线与南线都被法军击退。下午2点，缪拉元帅在大量火炮的掩护下，向南线的联军中央阵地发动骑兵冲锋，与此同时，麦克唐纳军对南线联军的右翼进行打击，但这次大型冲锋未能击破联军阵线。傍晚时分两军停止交战，法军在这一天损失了2.5万人，联军损失了3万人，然而联军的增援到来使法军的形势进一步恶化。10月17日，双方都在修整部队与等待援军，联军在增援抵达后增加至30万人与1,500门大炮，法军则不足20万人与900门大炮。10月18日上午，联军开始进攻，但除了在左翼有些进展外，大量阵地仍把持在法军手中，甚至有些部队被法军击溃。面对联军优势兵力的攻击，拿破仑下令撤出部分阵地收缩防御，但法军的萨克森与符腾堡部队在此时叛逃，且法军的炮弹也即将用尽，让拿破仑意识到别无选择只能撤退。10月19日，各防线的法军撤退进入莱比锡，向西面唯一的逃脱路线林德瑙渡口前进，但在撤退期间发生意外，一名工兵班长看到联军到来慌忙炸掉法军唯一的渡河桥梁，让负责后卫作战的士兵与城中医院的伤病员都成了俘虏。拿破仑的大军团在莱比锡战役中遭到致命性打击，别无选择只能向莱茵河撤退，法军彻底丢失了德意志地区的控制权。
法军成功以超越敌军大部队的行军速度躲过追击，并在过程中击退普鲁士骑兵的突袭。拿破仑计划穿过金齐希河谷抵达美因茨，于10月28日遭遇试图阻拦的巴伐利亚-奥地利联军。这支部队纪律高且有充沛补给，与混乱且缺乏补给的法军部队相反，且拥有4.3万人对1.7万人的兵力优势。30日上午，双方前卫部队开始交手，但未能取得任何决定性成果，下午时分，法军近卫炮兵司令德鲁奥将火炮迂回至联军侧翼，利用大炮轰击与骑兵冲锋，迫使联军撤回哈瑙。第二天，马尔蒙元帅的增援部队抵达，并攻占了哈瑙，扫清法军前进的阻碍。法军大部队于11月2日抵达弗兰克福，拿破仑在11月7日将部队交给马尔蒙后先行返回巴黎备战。
法兰西战役
1813年12月下旬，施瓦岑贝格的波希米亚军团与布吕歇尔的西里西亚军团渡过莱茵河，突破法国的边境防线。1814年1月25日拿破仑离开巴黎，前往位于沙隆的军事总部，试图在布吕歇尔与施瓦岑贝格会合前将前者歼灭。1月29日，拿破仑向坐镇布列讷堡的布吕歇尔发动进攻，法军左翼受到联军猛烈的打击，但右翼在夜色的掩护下成功攻入布列讷，迫使布吕歇尔向南方的特拉讷高地撤退。2月1日正午，布吕歇尔向拿破仑的新总部——拉罗蒂耶尔进攻，具有两倍兵力优势的联军扑向法军单薄的阵线，但对法军左翼跟右翼的攻势都陷入泥沼。然而巴伐利亚部队的抵达迫使法军的左翼部队撤退，俄军的预备队也在傍晚夺下拉罗蒂耶尔村，让拿破仑尝到法国土地上的首败。战后次日，联军在布列讷堡召开会议，决定将两个主力军团分开作战，布吕歇尔将向西北进军直攻巴黎，施瓦岑贝格则沿着塞纳河谷向巴黎推进。这项策略是个致命错误，使拿破仑能轻松地在两支敌军军团中施展内线作战。
布吕歇尔在会议结束后率军北上，下令萨肯将军的前卫部队追击撤退中的麦克唐纳第十一军，而他本人则在韦尔蒂等待与克莱斯特将军的会合。此时布吕歇尔的军团已经分成三个行军梯队：萨肯的第一梯队推进至蒙米拉伊；奥尔苏菲耶夫的第二梯队推进至尚波贝尔；其亲自指挥的第三梯队则仍在后头。2月10日上午10点，拿破仑向尚波贝尔进攻，奥尔苏菲耶夫的部队受到毁灭性打击，5,000名俄军士兵仅有1,500人逃脱。隔天上午5点，拿破仑在蒙米拉伊进攻已被孤立的萨肯军，后者在被击败后向北撤退与约克将军的部队会合。拿破仑马不停蹄地继续追击萨肯的部队，在蒂埃里堡之战中击败刚会师的联军部队，将其赶过马恩河。2月14日上午8点，拿破仑回援正被布吕歇尔进攻的马尔蒙军，布吕歇尔意识到拿破仑抵达后急忙撤退，格鲁希的骑兵杀入联军的右翼，摧毁普军的一个大型旅，接着迂回至普军后方挡住退路。普军看似已无望突围，但泥泞的土地救了普军，使其得以突破法军的封锁向沙隆撤退。在击败布吕歇尔后，拿破仑快速南下进攻施瓦岑贝格，在2月17日上午突袭维特根施泰恩麾下的俄军前卫，4,000名的俄军前卫除了脱逃的骑兵以外全数被歼灭，拿破仑随后将整个波希米亚军团赶过塞纳河。2月18日，奉施瓦岑贝格之令坚守在蒙特罗的联军部队被法军击败，波希米亚军团加速向特鲁瓦撤退。二月中旬的联军陷入低谷，法军不断的胜利加剧联军内部的矛盾，拿破仑的失败再次看似遥不可及。
1814年2月25日，联军领导人在奥布河畔巴尔的会议中达成一致，波希米亚军团将撤退至朗格勒，而得到增援的布吕歇尔西里西亚军团将向北进军。2月26日，拿破仑从梅里附近启程追击布吕歇尔。法军于3月5日在贝里欧巴克渡过埃纳河，向拉昂推进。3月7日上午10点，法军向部署在克拉奥讷台地的联军后卫部队进攻，由于担心战况不利，布吕歇尔下令指挥官沃龙佐夫将军撤退，法军夺下战场。拿破仑在扫清障碍后继续追击联军，于3月9日对拉昂地区的联军进攻，但他严重低估联军的数量，且他部队的两翼还无法合并，被迫在隔天撤出战场。重整旗鼓的拿破仑于3月13日袭击圣普列斯特将军在兰斯的部队，惊讶的联军几乎毫无抵抗，伤亡与被俘超过6,000人。3月17日，拿破仑率领2万人南下进攻施瓦岑贝格，在3月21日时发现他面对着整个施瓦岑贝格军团，别无选择只能撤退。联军在随后的讨论中决定直接进攻巴黎，并下令温岑格罗德将军率8千人的骑兵部队追踪拿破仑的部队。3月25日联军击败马尔蒙与莫尔捷的部队，打通前往巴黎的道路。3月26日，拿破仑在圣迪济耶之战中击败温岑格罗德，但已赶不及回援巴黎。3月31日，在焚烧完1,417面缴获的军旗与其他战利品后，法军献出巴黎城。
1814年4月13日，拿破仑签署《枫丹白露条约》，放弃法国皇位，但得以保留帝号并终身统治厄尔巴岛，同时享有每年250万法郎的津贴。4月20日，拿破仑离开枫丹白露宫，前往厄尔巴岛。他在离别前命令两排老近卫军围住他，对他们说出一段离别感言。最后，他举起左手说：“再见！不要忘记我！永别了，我的孩子们！”乐队随后奏响称颂曲《为了皇帝》。官兵们全体流泪，并高喊“皇帝万岁！”。
百日王朝
1815年2月26日，拿破仑登船从厄尔巴岛启程返回法国。陪同他的是一支1,026人的小部队，由551名老近卫军掷弹兵、94名波兰枪骑兵与301名科西嘉腾跃兵组成。3月1日，他在法国地中海海岸的儒昂湾登陆，沿着如今被称为“拿破仑之路”的路线向法国内陆进发。3月7日，第五线列步兵团的一个营挡住通往格勒诺布尔的路线，拿破仑冷静地向他们走去，喊道：“第五团的士兵们，你们认得我？如果你们中有人想打死他的皇帝，我就在这里。”那支部队随即丢下波旁王朝的帽徽，加入拿破仑的行列。曾受令抓捕拿破仑的内伊元帅也加入了他的行列，于3月14日召集部队宣誓效忠拿破仑。拿破仑向西北的进军成为一系列凯旋式的进军，大量部队都加入了他的行列。3月20日，广受民众与军队欢迎的拿破仑返回杜伊勒里宫，重新成为法国的统治者，史称“百日王朝”。他继承了复辟王朝留下的20万军队，并下令国民自卫军为他提供15万新兵。而反法同盟方面，其司令部计划出兵60万人，并在6月底各部队到期后，分多路发动进攻。初夏，拿破仑共拥有36万名训练有素的士兵，其中最精锐的12.5万人被编成“北方军团”。拿破仑决心主动出击，在庞大的俄军与奥军抵达前，先击败在低地集结的23万英军与普军。
6月14日，拿破仑将所有作战部队移至边境，并下令在第二天早晨入侵尼德兰。法军将在第一阶段推进至沙勒罗瓦与桑布尔河渡口，重点打击普鲁士军队。6月15日凌晨，法军对沙勒罗瓦周围的普鲁士齐滕军进攻，在中午时分夺下沙勒罗瓦，接着继续向东北追击普军。下午时分，向弗勒吕斯推进的法军在日利村遭遇一支7,000人的普鲁士旅，下午6点拿破仑发动进攻，命令勒托尔率领四个中队展开追击，成功击溃一个普军营，普军后卫大多被歼灭，通往布鲁塞尔的道路门户大开，威灵顿的部队也被暴露在法军矛头之下。6月15日这天，法军损失了600人，普军损失则为2,000人。当天深夜，当威灵顿公爵得知法军行军的情报后，喊道：“上帝啊，我上了拿破仑的当！”6月16日凌晨，拿破仑将军团分为两部，由内伊指挥的左翼向四臂村进军，由格鲁希指挥的右翼向松布雷夫进军，而拿破仑则职掌近卫军组成的预备队，视情况穿梭于两翼之间。下午2点30分，格鲁希的部队开始对利尼战场的普军进攻，内伊的部队也同时在四臂村与联军交火，拿破仑随后下令协助内伊部队的德隆第一军立即前往利尼，当这支部队抵达时，普军的左翼与中路部队应已经被法军牵制，使其能够轻松突入普军右翼。然而接近夜晚时，抵达利尼附近的第一军又被内伊召回，使拿破仑期望的歼灭战未能发生，普军撤出战场。第一军因混乱的命令在两个战场中来回穿梭，最终未能赶到任何一处战场，让两处的法军都无法取得预定的辉煌胜利。
6日17日，距离利尼不远的普军开始向瓦夫尔撤退，四臂村的英军则向滑铁卢附近的蒙圣让撤退。拿破仑试图在英军撤退前发动袭击，亲自率军向四臂村推进，并派遣格鲁希率领3万多人紧紧咬住撤退中的普军。拿破仑的部队扑个空，但成功引起联军阵线后的恐慌。法军主力7万多人在半夜抵达滑铁卢附近，于6月18日中午对乌古蒙的英军发动进攻。然而乌古蒙农舍的英军面对法军部队的不断冲击，死死地守住这块重要据点。下午1点，拿破仑下令大炮群轰击联军阵地，接着德隆第一军的四个进攻纵队开始向联军的左翼进军，成功行进过整个山谷，并重创山丘前的联军部队。法军在山顶距离胜利仅有咫尺之遥，然而英军骑兵在此时发动冲锋，法军进攻部队陷入混乱，撤回己方阵线。狂喜的英军骑兵失控了，向着法军火炮阵地直冲而来，但被法军骑兵打的溃不成军，威灵顿的主力骑兵部队近乎覆灭。下午4点，米约将军率领的2,500名胸甲骑兵在1,500名近卫枪骑兵与猎枪兵的跟随下列队，对联军阵线发动冲锋，其他骑兵也在随后投入战场，超过9千名法军骑兵向2万名联军步兵冲击，但未能冲破步兵方阵，法军的骑兵力量损失大半。同时，普鲁士部队赶到，迫使法军调兵至普朗斯努瓦抵御新到来的敌军。下午5点，内伊元帅下令8千名法军步兵进攻联军阵线，但再次被联军击退。然而其他法军部队成功攻下联军的重要据点拉艾圣，联军的中路阵线已经摇摇欲坠。法军行进至山丘顶后，许多联军部队后撤或溃散，陷入绝望的威灵顿“眼睛凝聚著泪水”，联军阵线接近崩溃。下午7点30分，拿破仑投入他最后的预备队——帝国近卫军，联军在接敌后溃退，法军再次推进至山顶。然而正当法军看似胜利在望时，近卫军在敌军阵地前因齐射与普军骑兵的冲锋崩溃了，法军全军也在连锁反应下瓦解，向热纳普撤退。拿破仑的北方军团在滑铁卢战役中遭到致命性打击，撤退的部队与原先派往瓦夫尔的格鲁希部撤回国内，法军已无任何战略主动权。
1815年6月22日，拿破仑宣布退位，将帝位转交给他的继承人拿破仑二世。他在6月15日离开巴黎前往马尔迈松，考虑移民美国但因皇家海军封锁最终未成行。7月15日早上8点，拿破仑登上“柏勒洛丰号”向英军投降。7月31日，英军代表向拿破仑说明他将被流放至圣赫勒拿岛，拿破仑虽对此深感不满，还是于8月7日转至“诺森伯兰号”上，与26位随员一同前往圣赫勒拿。
孤岛余生
英国拒绝了拿破仑政治避难与安度晚年的请求，并将他流放到了距离非洲西海岸足有1870公里（1162英里）的圣赫勒拿岛上。1815年10月，再次退位的皇帝乘坐皇家海军诺森博兰号（英语：HMS Northumberland (1798)）战舰抵达詹姆斯敦。为了防止拿破仑再次反扑，英国同时在圣赫勒拿与邻近的阿森松岛上设置了驻军。
皇帝先在布莱尔斯（英语：Briars, Saint Helena）住了两个月，之后在同年12月搬到了朗伍德别墅（英语：Longwood House）。那里原先是东印度公司的一个农场，拿破仑入住的时候早已年久失修，该房屋地势低洼，内部潮湿，还不防风 ，以至于泰晤士报上发表的文章认为英国政府试图将被流放的拿破仑折磨致死。皇帝本人也常常在写给当地总督和自己的监管人哈德森·洛威（英语：Hudson Lowe）的信中抗议朗伍德别墅糟糕的居住环境，而他的侍从则抱怨“（这里）阴冷，瘴气横行，地板潮湿，食物难以下咽”。现代科学家推测，拿破仑后来患的疾病可能就是朗伍德别墅墙纸中亚砷酸铜引起的砷中毒。
拿破仑在岛上依然严守帝国礼节，要求来参加他晚宴的男士身着军装，女士则要穿连衣裙并配宝石，以此向外界证明他并非一个囚徒。退位的皇帝也会正式地接待访客，读书或口述他对一些战役的回忆及点评。拿破仑还在伊曼纽尔·德拉斯·凯斯（英语：Count Emmanuel de Las Cases）的指导下学习了几个月英语，但因语言天赋不佳而放弃。
拿破仑之后不断对外谴责英国的恶劣对待，希望盟国能在舆论压力下撤销将他流放的决议 。然而英国政府却指示洛威进一步缩减拿破仑的开销，并且不承认波拿巴退位君主的地位，还要求皇帝的支持者签下保证书，使他们无限期地滞留在岛上。1817年3月，有关拿破仑是否受到虐待的辩论在英国议会展开，霍兰德男爵（英语：Henry Vassall-Fox, 3rd Baron Holland）呼吁展开一次调查。
同年年中，拿破仑身体状况开始恶化，其私人医生巴里·奥米拉（英语：Barry O'Meara）给他诊断出了慢性肝炎，还认为岛上恶劣的气候环境与缺乏锻炼会缩短拿破仑的寿命，然而洛威却认为奥米拉小题大做，在次年7月解雇了他。
1818年11月，盟国正式宣布将拿破仑终身流放圣赫勒拿。
去世
自1821年2月起，拿破仑的健康状况开始急速恶化。同年5月5日，拿破仑在岛上去世，5月8日，这位征服者在礼炮声中被葬在圣赫勒拿岛上的托贝特山泉旁。直至今日，拿破仑的死因仍是众说纷纭，英国医生的验尸报告显示他是死于严重胃溃疡或者胃癌，但根据新的研究：1980年代英国格拉斯哥大学生物化学系检验拿破仑遗体发现，他应死于砷中毒，而且从当年贵族爱用的壁纸上，历史学家亦发现含有砷的矿物，猜测是因为环境潮湿而让砷在空气中渗透；部分认为是波旁王朝为阻止拿破仑重返法国，买通侍从人员在拿破仑专饮的橡木桶葡萄酒里放砒霜，导致拿破仑被暗杀。
他去世后九年，新的奥尔良王朝在民意的压力之下，将拿破仑的塑像重新竖立在旺多姆圆柱上。1840年，法国奥尔良王朝的国王路易·菲利普一世派其子将拿破仑的遗体接回。同年12月15日，拿破仑的灵柩被运回巴黎，在经过凯旋门后被安葬到塞纳河畔的荣誉军人院。
改革
拿破仑推动的改革措施影响深远，包括高等教育、税法、道路和下水道系统，并建立法兰西银行（中央银行）。他同天主教会议定1801年教务专约，旨在同治下占占人口绝大多数的天主教徒进行和解；与之一同推展的还有管理公共礼拜的奥兰治条约。同年，拿破仑成为法国科学院的院长，并指定德朗布尔为永久秘书。
1802年5月，拿破仑创立法国荣誉军团勋章，用于取代旧时的荣誉和骑士勋章体系，以鼓励民事和军事成就，而这一勋章至今仍是法国最高的荣誉勋位勋章。拿破仑的个人权力在第十年宪法中得到加强，其中第一款写道：“法国人民指定，法国参议院拥戴拿破仑·波拿巴为终生第一执政官。”从此之后他开始被普遍称其为他的名“拿破仑”而非他的姓“波拿巴”。
拿破仑的《法国民法典》在第二执政官康巴塞雷斯领导的法律专家委员会下起草。拿破仑本人还积极参加法国最高行政法院会议，参与草案的修改。民法典的起草过程注重明文性和通俗性，相较于传统的民法体系有着本质性的不同。拿破仑还委托起草其他与刑事和商事相关的法典，其中的刑事诉讼法典采用正当法律程序的原则。
拿破仑主持编纂的《法国民法典》
法国民法典在欧洲被广泛采用（虽然只限于拿破仑征服的土地），而在拿破仑兵败之后仍然得到继承。拿破仑曾经说过：“我真正的光荣不在于打了四十次胜仗，滑铁卢之战抹去关于这一切胜利的记忆……但……有一样东西将永垂不朽，那就是我的《民法典》。”这一法典至今仍然对欧洲、美洲和非洲的法系具有十分重要的影响。
狄特尔·朗格维舍将民法典称作一项“革命性的工程”，通过扩大拥有财产的权利和加速封建制度的灭亡带动德国资产阶级社会的发展。拿破仑将原先神圣罗马帝国的领土（上千个政体）重组成为更为精简的莱茵邦联（四十个国家），而这也成为德意志邦联的建立和1871年的德意志统一的基础。
同样，拿破仑在意大利的统治也促成意大利统一运动。这些改革推动了民族主义和民族国家的发展。
公制度量衡
1799年9月，官方推出了公制度量衡系统。这一举措在法国社会并未受到欢迎，但拿破仑的统治仍然显著推动这一新标准在法国和法军势力范围内的推广。1812年，拿破仑最终退让，通过法律推广“传统计量单位”以支持零售贸易。这一系统与大革命前的计量单位相似，但采用的是千克和米作为单位，例如公制1斤为500克而非旧的489.5克（1“国王磅”）。其他计量单位也以类似形式得到推广，而这也为欧洲在19世纪中期普遍推行公制度量衡打下基础。
影响
拿破仑于1804年11月6日加冕称帝，把共和国变成帝国。在位期间称“法国人的皇帝”。对内他多次镇压反对势力的叛乱，颁布《拿破仑法典》，完善世界法律体系，从长远来看，对奠定西方资本主义国家的社会秩序产生了重要作用。
拿破仑是军事家，对外他率军五破英、普、奥、俄等国组成的反法联盟，打赢七十余场战役。他在法国执政期间因多次击败反法同盟，大幅扩张法国领土，成为意大利国王、莱茵邦联的保护者、瑞士联邦的仲裁者、法兰西帝国殖民领主（包含各法国殖民地、荷兰殖民地、西班牙殖民地等）。在最辉煌时期，欧洲除英国外，其余各国均向拿破仑臣服或结盟，形成庞大的拿破仑帝国体系，创造一系列军政奇迹与短暂的辉煌成就。除此之外，拿破仑也是最早提出欧罗巴合众国构想并试图通过武力合并来实现的人。他一生亲自参加的战役达到七十多次，而其指挥的战斗，在军事史上有重要意义。他的霸权，搅乱了欧洲国际关系，破坏了各国的势力平衡。在拿破仑战败后的维也纳会议上，新的欧洲秩序被重新建立起来，保持均势。
作为政治家，拿破仑的影响也同样深远，于1804年颁布以《法国民法典》是大陆法系的经典典范，也是1896年颁布的《德国民法典》的重要参考之一，其中所确立的关于民法和财产法系的基本原则，大致上后来大多数国家皆普遍模仿和遵循，倡导的自由、平等、博爱随着他的领土扩张迅速的传播开来；另一方面他又勇于挑战及破坏专制主义，可以说是近代的民主主义以及民族国家等理念的先驱者。
许多著名人物向拿破仑表示过追思之意，包含拿破仑的敌国英国君主。1855年尚是王储的爱德华七世，曾在巴黎向母亲维多利亚女王口中“拿破仑墓”下跪致敬。
妻子、情人与孩子
拿破仑的人生中曾至少有过两任妻子和几十位情人，其中他在1800年至1810年迎娶玛丽·路易丝前，共有25位已知的情人，每一位年龄都小于约瑟芬·德·博阿尔内。拿破仑的初恋情人是卡罗利娜·科隆比雅，在拿破仑担任拉费尔炮兵团少尉时相见，这段短暂的爱情十分美好，即使到了晚年，拿破仑仍会回忆起与她的几次散步。1794年，拿破仑返回昂蒂布，开始追求漂亮的富家女德茜蕾·克拉里。1795年4月，双方缔结婚约。然而这段感情在拿破仑前往巴黎后就淡了，拿破仑随后撰写了浪漫小说《克列松与欧仁尼》，告别自己对德茜蕾的恋情。1795年末，拿破仑与著名的社交名媛约瑟芬·德·博阿尔内坠入爱河。1796年3月9日，两人结为夫妻。在拿破仑远征埃及期间，留在法国的约瑟芬出轨，得知消息的拿破仑在与第22猎骑兵团中尉让-诺埃尔·富雷斯的妻子波利娜·富雷斯相遇后，后者很快成为他的情妇。1800年的马伦戈战役后，拿破仑返回米兰并享受意大利女演员朱塞平娜·格拉西尼的陪伴。1801年，他赞助了一位歌剧女高音卡罗琳·布朗许。担任第一执政期间，拿破仑还与两位舞台剧演员玛格丽特·乔治与约瑟芬·迪谢努瓦有染。1804年，拿破仑因与伊丽莎白·德沃黛有染，与捉奸的约瑟芬发生剧烈争吵。但过没多久，他又与阿代勒·迪沙泰尔发生关系。1806年12月13日，拿破仑的情妇埃莱奥诺尔·德努埃勒诞下他的第一个孩子夏尔·莱昂，这个孩子让拿破仑明白无法生育的问题源自约瑟芬而非他自己，并开始有了离婚的念头。1809年，著名的波兰夫人玛丽·瓦莱夫斯卡怀了他第二个可证的孩子亚历山大·科隆娜-瓦莱夫斯卡。
即使拿破仑自埃及回国以来都与约瑟芬过着亲密、宜人和友善的婚姻生活，他还是于1809年11月30日告诉约瑟芬他想离婚，因为她未能诞下婚生子。12月16日，元老院令解除拿破仑与约瑟芬的婚姻。拿破仑随即向俄罗斯公主安娜女大公求婚，但因俄方的答复过于缓慢，他转而向奥地利公主玛丽·路易丝求婚。这位公主身材高挑、特别健康、美丽优雅，深得拿破仑的喜爱。1810年4月1日，拿破仑与玛丽·路易丝在圣克卢宫举行世俗婚礼，起初享有幸福美满的婚姻，并在1811年3月20日诞下一位继承人拿破仑·弗朗索瓦·约瑟夫·夏尔·波拿巴，后世称“拿破仑二世”。这名继承人在出生时就被封为罗马王，在他父亲失势后他被接到奥地利，更名为弗朗茨（Franz），并被封为赖希施泰特公爵。1821年7月13日，这位少年在得知父亲去世后显得异常悲痛，并被获准为拿破仑服丧。1828年，拿破仑二世加入了奥地利陆军，他的老师评价他“聪明、严肃、专注”，表现出色并亲力亲为，然而并不受首相梅特涅的信任。1832年在服役期间意外染上肺炎，卧床数月后加重为肺结核，同年7月22日凌晨5点，年仅21岁的拿破仑二世在维也纳美泉宫病逝。